关于黄素对整体最小化后结构发生明显变化的原因求助

小李 · 发表于 Post on 2022-3-15 10:21:40

各位老师、前辈们好，学生对于一个黄素辅酶的蛋白质进行动力学模拟（用的amber软件），想求教在进行对整体最小化后结构发生明显变化的解决办法，感谢您的阅读和指导。详细情况如下：学生小分子参数生成用acpype线上程序生成，小分子整体带一个负电荷，采用GAFF力场。
对于水最小化脚本截图：

产生的rst文件转化成pdb在VMD中显示如下面截图：（学生观察过小分子和周围残基没有重叠）

对于整体最小化脚本：

产生的rst文件转化成pdb在VMD中显示如下面截图：（学生观察过小分子和周围残基没有重叠）

Q1:学生想请教一下产生结构发生明显变化的原因是因为生成的小分子参数不合理还是其他可能的原因，请您指教。
Q2:学生采用的GAFF力场生成的参数文件，如果因为采取立场不合理，请您有给予一些建议.

感谢您的阅读与解答，祝好。

sylar · 发表于 Post on 2022-3-15 11:10:24

本帖最后由 sylar 于 2022-3-15 11:19 编辑

以我的经验来说，磷氧不能加氢，让它带负电，否则就算最小化步骤正常热浴步也会崩溃https://jsylar.github.io/#/Amber/Lig_contians_MD
这个问题我在笔记里记录过，你可以参考一下

小李 · 发表于 Post on 2022-3-17 16:43:35

sylar 发表于 2022-3-15 11:10
以我的经验来说，磷氧不能加氢，让它带负电，否则就算最小化步骤正常热浴步也会崩溃https://jsylar.github. ...

好的好的非常感谢您，祝您一切都好。（抱歉这两天没登录上查看消息，谢谢您）

Jerryluo · 发表于 Post on 2022-3-19 20:15:54

sylar 发表于 2022-3-15 11:10
以我的经验来说，磷氧不能加氢，让它带负电，否则就算最小化步骤正常热浴步也会崩溃https://jsylar.github. ...

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