是否可以使用DMol3优化分子结构转到Forcite去跑计算

五月雨

1、各位老师好，我之前利用Forcite模块优化CO2、MEA（单乙醇胺）分子结构跑的计算，最后发现CO2分子没有表现出彼此或与其他分子之间任何的相互作用，既没有出现聚拢的现象，也没有发生分散，密度几乎没有变化。 红色的是CO2，有聚拢现象的是MEA。我在模型中添加H2O分子之后也不行，H2O和MEA一样，有聚拢的现象。查阅了几篇文献，发现他们很多都是使用Gaussian在B3LYP/6-311++G(d,p)水平做得优化。我想请问可不可以通过DMol3做DFT优化分子结构，之后转到Forcite去跑计算？
2、由于分子动力学理论知识的缺乏，导致尝试了很多次也不知道问题出在什么地方，目前想学习Gromacs做模拟，看了很长一段时间sob老师发的帖子，装了Windows系统下的Gromacs、VMD、sobtop，我想请问做分子团簇模拟还需要哪些必备的软件?
3、我是刚接触分子模拟的小白，对于分子动力学理论方面的知识很缺乏，所以上述不妥之处还请各位老师见谅。

sobereva

1 用量化方法优化分子根本没必要，本来做MD的时候是靠力场描述的，单分子初始结构做不做优化都一样。如果直接做动力学由于不合理接触明显而崩溃，在力场级别下做能量极小化就完了。

2 Sobtop创建分子拓扑文件、在GROMACS里跑动力学，在VMD里观看和分析轨迹，基本够了。但一般还需要Gaussian或ORCA产生波函数文件，结合Multiwfn算RESP电荷。ORCA和Multiwfn都是免费的，对于算RESP电荷的目的也不用去学什么，直接就有懒人脚本一键自动调用它们计算RESP电荷
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）


对于温度不是特别低的情况，由于CO2质量小、和其它分子作用又不强，且当前动能又不小，CO2不可能出现聚集，这绝对不代表CO2和其它分子没有相互作用，只不过没有强到能克服当前温度的平均动能形成聚集体。

用GROMACS代替Forcite绝对是上佳选择。不要钱，速度还快得多得多，还灵活得多得多，而且对于CO2在文献里专门有特别适合的力场参数，放在GROMACS里用也很容易。

五月雨

sobereva 发表于 2022-3-22 08:53
1 用量化方法优化分子根本没必要，本来做MD的时候是靠力场描述的，单分子初始结构做不做优化都一样。如果直 ...

多谢sob老师的指点。先前打算参加分子动力学与GROMACS培训班，但考虑到举办在六月份的北京，疫情问题加上目前课题急需进展，想着能不能购买电子资料，这样现在就能去学习。不知道电子资料和实训有哪些区别。

sobereva

五月雨 发表于 2022-3-22 10:18
多谢sob老师的指点。先前打算参加分子动力学与GROMACS培训班，但考虑到举办在六月份的北京，疫情问题加上 ...

这里说了
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html