伞形采样时，能否给分子加位置限制

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请教一下：我用gromacs伞形采样计算两个感兴趣的分子的PMF，2个分子之间是排斥的，我根据质心距离选择出一系列采样窗口，伞形采样开始后，发现在任何窗口下采样，分子都不做弹簧振动，而是在很大范围内做平动转动，明显偏离了初始位置（下图）（弹簧力已经使用，力常数=10,1000,5000,1000000都试过了，没有效果）。网上查到：假如分子不能做弹簧振动，会影响PMF结果。请问如何改umbrella.mdp的参数，能让分子做弹簧振动？我能否给2个分子都加上位置限制？（目前是1个分子加了位置限制）
用的参数如下，我发现用这套参数计算另外两个分子（2个分子是吸引的），分子可以做弹簧振动
title       = Umbrella  simulation
define      = -DPOSRES_B
; Run parameters
integrator  = md
dt          = 0.002
tinit       = 0
nsteps      = 5000000   ; 10 ns
nstcomm     = 10
; Output parameters
nstxout     = 50000     ; every 100 ps
nstvout     = 50000
nstfout     = 5000
nstxtcout   = 5000      ; every 10 ps
nstenergy   = 5000
; Bond parameters
constraint_algorithm    = lincs
constraints             = all-bonds
continuation            = yes
; Single-range cutoff scheme
nstlist     = 5
ns_type     = grid
rlist       = 1.4
rcoulomb    = 1.4
rvdw        = 1.4
; PME electrostatics parameters
coulombtype     = PME
fourierspacing  = 0.12
fourier_nx      = 0
fourier_ny      = 0
fourier_nz      = 0
pme_order       = 4
ewald_rtol      = 1e-5
optimize_fft    = yes
; Berendsen temperature coupling is on in two groups
Tcoupl      = Nose-Hoover
tc_grps     = Other Water_and_ions
tau_t       = 0.5       0.5
ref_t       = 298.15       298.15
; Pressure coupling is on
Pcoupl          = Parrinello-Rahman
pcoupltype      = isotropic
tau_p           = 1.0      
compressibility = 4.5e-5
ref_p           = 1.0
refcoord_scaling = com
; Generate velocities is off
gen_vel     = no
; Periodic boundary conditions are on in all directions
pbc     = xyz
; Long-range dispersion correction
DispCorr    = EnerPres
; Pull code            
pull                    = yes      
pull_ngroups            = 2
pull_ncoords            = 1
pull_group1_name        = MOL
pull_group2_name        = SUB
pull_coord1_type        = umbrella      ; harmonic biasing force
pull_coord1_geometry    = distance      ; simple distance increase
pull_coord1_groups      = 1 2
pull_coord1_dim         = Y N N
pull_coord1_rate        = 0.0
pull_coord1_k           = 1000          ; kJ mol^-1 nm^-2，10,1000,5000,1000000都试过了，没有效果
pull-coord1-start              = yes           ; define initial COM distance > 0

yuanen

个人观点，既然是排斥那证明在你设置的pull牵引方向上本身就有大于0的力，建议将两个分子初始位置远离做靠近牵引。这样牵引力可以抵消分子间斥力。

Frozen-Penguin

你设置的质心距离约束只对X生效，所以可以约束住相互吸引的分子，而无法约束住相互排斥的分子（YZ方向不受约束可以远离）。
如果只研究PMF随质心距离的变化，应该把pull_coord1_dim改成 Y Y Y，如果要研究PMF在特定方向的变化，可以写一个posre文件，约束分子在YZ方向上的运动。