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[Multiwfn使用咨询] VMD中怎么把AdNDP轨道合并一起绘制?

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楼主
看了卢老师的博文《使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键》,绘制出了单个的AdNDP轨道,在VMD中使用Multiwfn程序包里的examples\AdNDP\plotAdNDP.vmd是写的VMD脚本,但是我没有将一批AdNDP轨道的cube文件的等值面图一下都作出来,VMD出现“未响应”的情况,图没有作出来。
我的操作如下:我修改了istart和iend格点文件编号始末,set name命令的路径改成了我的所有AdNDPorb××××.cub所在的实际保存路径(其实这个路径我不太明白),老师写的是set name "D:\\CM\\my_program\\Multiwfn\\AdNDPorb$idx.cub",我写的是set name "D:\\Software\\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64\\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64\\AdNDPorb$idx.cub"。但是我复制到VMD后出现了如下情况:? set idx [format %04d $i]
? set name "D:\\Software\\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64\\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64\\AdNDPorb$idx.cub"
? puts Loading\ $name
? mol new $name type {cube}
? mol modstyle 0 $idinit Isosurface $isoval 0 0 0 1 1
? mol modcolor 0 $idinit ColorID $posclr
? mol modmaterial 0 $idinit Transparent
? mol addrep $idinit
? mol modstyle 1 $idinit Isosurface -$isoval 0 0 0 1 1
? mol modcolor 1 $idinit ColorID $negclr
? mol modmaterial 1 $idinit Transparent
? incr idinit 1
? }
不知道什么原因。
老师,除了修改istart和iend、路径,还需要修改什么吗?
希望老师能为学生解答一下!谢谢老师!



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发表于 Post on 2021-10-14 20:16:27 | 只看该作者 Only view this author
所有该做的操作步骤博文都说了,没有遗漏
先一次只绘制两个轨道看看
确保用的是VMD 1.9.3
帖的时候最好贴截图,避免描述时忽略重要信息
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-14 21:37:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-14 20:16
所有该做的操作步骤博文都说了,没有遗漏
先一次只绘制两个轨道看看
确保用的是VMD 1.9.3

老师,我试了一下可以绘制出两个轨道,但是是有时候能绘制,有时候VMD绘制两个轨道也会闪退,还有多了之后VMD也会闪退,版本是1.9.3。
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发表于 Post on 2021-10-15 05:15:47 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-10-14 21:37
老师,我试了一下可以绘制出两个轨道,但是是有时候能绘制,有时候VMD绘制两个轨道也会闪退,还有多了之后 ...

换个VMD 1.9.3的非官方64bit版本再试,论坛里有人分享,搜论坛
格点数据太大的时候可能会造成32bit版VMD由于内存限制没法载入
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-15 10:12:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-15 05:15
换个VMD 1.9.3的非官方64bit版本再试,论坛里有人分享,搜论坛
格点数据太大的时候可能会造成32bit版VMD ...

好,我试试,谢谢老师!
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发表于 Post on 2023-6-12 15:30:19 | 只看该作者 Only view this author
我想请教一下,我也遇到了相同的情况,出现好多问好,然后我自己一行一行打上去以后还是不行,请问您是怎么解决的呀

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发表于 Post on 2023-6-12 15:33:14 | 只看该作者 Only view this author
hhxx 发表于 2023-6-12 15:30
我想请教一下,我也遇到了相同的情况,出现好多问好,然后我自己一行一行打上去以后还是不行,请问您是怎么 ...

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