新手求助，使用Multiwfn脚本结合ORCA进行RESP计算的问题

Niohe · 发表于 Post on 2022-4-11 08:53:06

网上找的Amber的教程多数都是使用Gaussian得到的out文件然后使用antechamber命令得到一个resp电荷的mol2文件。

antechamber -i ligand.out -fi gout -c resp -o ligand_resp.mol2 -fo mol2 -pf y

那么使用Multiwfn脚本通过ORCA计算得到的RESP电荷，是不是只要复制到mol2文件中对应位置得到resp的mol2文件就可以直接进行下一步生成输入文件frcmod文件导入到体系中去了？
谢谢

z9527567 · 发表于 Post on 2022-4-11 09:02:54

我感觉是的，其实也不用复制粘贴，用Multiwfn保存为pqr格式，然后openbabel转一下mol2就好了，复制粘贴怪麻烦的

Niohe · 发表于 Post on 2022-4-11 10:53:52

谢谢，就是看到mol2的文件头好像有电荷描述的部分，担心直接黏贴的情况会有什么不可知的影响。

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-11 19:01:56

Niohe 发表于 2022-4-11 10:53
谢谢，就是看到mol2的文件头好像有电荷描述的部分，担心直接黏贴的情况会有什么不可知的影响。

没什么影响，复制粘贴没问题
按2L的做法可以更自动化

Niohe · 发表于 Post on 2022-4-13 11:29:55

谢谢回复。了解了。

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