计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 3618|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Material Studio] 求助castep计算半水石膏表面吸附乙二酸离子,优化后离子结构变形严重问题

[复制链接 Copy URL]

6

帖子

0

威望

113

eV
积分
119

Level 2 能力者

各位老师好,采用MS2018中castep模块计算乙二酸离子在半水石膏表面的吸附,分别对构建的半水石膏表面和乙二酸进行了优化后,再将二者组合形成了需要优化的吸附体系。
吸附优化完成后乙二酸离子结构变形严重,C-C键拉长。想请教一下各位老师是哪里出现了问题?


计算参数设置如下:
task : GeometryOptimization
comment : CASTEP calculation from Materials Studio
xc_functional : PBESOL
spin_polarized : false
opt_strategy : Default
page_wvfns :        0
cut_off_energy :      450.000000000000000
grid_scale :        2.000000000000000
fine_grid_scale :        3.000000000000000
finite_basis_corr :        0
elec_energy_tol :   5.000000000000000e-007
max_scf_cycles :     1000
fix_occupancy : false
metals_method : dm
mixing_scheme : Pulay
mix_charge_amp :        0.500000000000000
mix_charge_gmax :        1.500000000000000
mix_history_length :       20
nextra_bands :       85
smearing_width :        0.200000000000000
num_dump_cycles : 0
geom_energy_tol :   2.000000000000000e-005
geom_force_tol :        0.050000000000000
geom_stress_tol :        0.100000000000000
geom_disp_tol :        0.002000000000000
geom_max_iter :      999
geom_method : BFGS
fixed_npw : false
calculate_ELF : false
calculate_stress : false
popn_calculate : true
calculate_hirshfeld : true
calculate_densdiff : false
popn_bond_cutoff :        3.000000000000000
pdos_calculate_weights : true

优化前结构:


优化后结构:


优化曲线如图:





6

帖子

0

威望

113

eV
积分
119

Level 2 能力者

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-31 22:52:20 | 只看该作者 Only view this author
请问有没有老师可以帮忙解答下,如果有其他未提到的关键细节我可以再补充,感激不尽!

83

帖子

0

威望

1531

eV
积分
1614

Level 5 (御坂)

3#
发表于 Post on 2022-3-31 23:22:57 | 只看该作者 Only view this author
Na离子离乙二酸根太远了,两个羧基都带负电肯定是这样的,而且这个帖子应该放到第一性里面

6

帖子

0

威望

113

eV
积分
119

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-1 10:16:36 | 只看该作者 Only view this author
hdmd 发表于 2022-3-31 23:22
Na离子离乙二酸根太远了,两个羧基都带负电肯定是这样的,而且这个帖子应该放到第一性里面

哇,谢谢老师解答,我修改下钠离子的位置再试试,关于帖子分类我下次一定注意,再次感谢!

6

帖子

0

威望

113

eV
积分
119

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-1 22:36:44 | 只看该作者 Only view this author
hdmd 发表于 2022-3-31 23:22
Na离子离乙二酸根太远了,两个羧基都带负电肯定是这样的,而且这个帖子应该放到第一性里面

您好老师,我按您的方法把Na离子的位置下调后,在未改变其他参数的 条件下又进行了计算,计算结果如下图,还是出现了结构变形严重的情况,请问是我调的位置不对,还是可能是其他原因,麻烦您解答下

6

帖子

0

威望

113

eV
积分
119

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-1 22:37:12 | 只看该作者 Only view this author
调整Na离子位置后优化结果如图

1万

帖子

0

威望

9886

eV
积分
22130

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2022-4-2 00:41:37 | 只看该作者 Only view this author
f785386356 发表于 2022-4-1 15:37
调整Na离子位置后优化结果如图

检查总电荷有没有设对,如果体系电子数比实际应该有的电子数少2个,那草酸根就自动变成两个二氧化碳了,也就导致了你看到的这种变形
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6

帖子

0

威望

113

eV
积分
119

Level 2 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-2 08:41:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-2 00:41
检查总电荷有没有设对,如果体系电子数比实际应该有的电子数少2个,那草酸根就自动变成两个二氧化碳了, ...

好嘞,谢谢老师,我检查下总电荷是否为0

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 05:50 , Processed in 0.173264 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list