求助namd程序中单个粒子nve模拟使用velocities提供pdb速度文件segmentation fault

tjuptz · 发表于 Post on 2022-4-4 23:16:36

本帖最后由 tjuptz 于 2022-4-7 21:37 编辑

我记得培训时学习，md程序是给定初始坐标和速度，根据分子力场计算能量，受力，更新位置和速度，如此循环。那么比如体系就一个离子，给它个初速度，没有成键也没有非键，理想nve情况应该是匀速直线运动下去吧。我在NAMD2.12 CPU版本里试验，通过设定初始温度的方式是可以正常run的，不过速度似乎并不是稳定的。但是如果不给温度而是使用velocities参数提供pdb速度文件就会吐核退出，没有报错信息。pdb速度文件即使是前面通过初始温度模拟产生的可读vel也不行。而当用binvelocities提供restart.vel文件就可以了。
问题似乎出在了namd读取pdb速度文件上。请教这样问题如何解决？所用文件如下

ion.rar (2.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

PS：经过老师指导，应该是源码PDB读取的那一部分内存释放有问题导致的段错误，把PDB.C这个文件中的PDB::~PDB这个函数部分改下就行了，删掉245-247if到else这一部分，包括这两个词都删除。

跟2.14版源码对了一下，2.14的这部分代码应该是改过了。

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[NAMD] 求助namd程序中单个粒子nve模拟使用velocities提供pdb速度文件segmentation fault

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