按照sobtop例8、9新增原子类型的几个疑问

五月雨

1、如果分子中有个别原子需要自定义原子类型来添加参数，是不是这个分子内所有的原子都要在assign_AT.dat重新定义？例如我想自定义单乙醇胺（MEA）中的C、N、H(O)，是不是还需要额外定义O以及C、N上的H的原子类型？ (C2H7NO)
2、自定义原子类型时（还是MEA），该如何区分N、C上的H呢，元素和成键数目都是一样的，并且两个不同的C上的四个H又该如何区分？是利用成键距离(dis)限制项吗？sobtop里assign_AT.dat中的限制项：bond -1 C 2 O 1 H，请问C元素前的数字-1代表了什么？

3、如果要添加两个CO2分子中C原子之间的作用参数（我自己理解的，不知道是否正确），应该把参数添加在哪里？在文件bonded_param.dat中$BOND项里有相同原子之间的参数（例br-br），我不知道是不是代表这是两个分子之间br与br的作用参数，还是说只是单个分子间两个br原子的作用参数。

4、在成功定义了各种原子类型之后，力场文件需不需要修改？

感谢各位老师解答。

sobereva

1 完全没这个必要

2 你先了解了解GAFF原子类型的定义，原文和LJ_param.dat里的注释都写得明明白白。不懂这些知识还要自定义原子类型完全是胡搞。

-1的含义在bondcrit.dat注释中的例子里已经体现了。

3 范德华参数显然在LJ_param.dat里体现

4 我不知道你说的力场文件指什么，提问时必须描述清楚。如果你新定义了原子类型，而且这种原子又和其它原子成键，而且你要求sobtop直接用bondcrit.dat里现成的参数，显然也得把相关bonded参数自己加进去。sobtop主页上的SiO2的例子已经充分体现了怎么自己添加参数。

五月雨

sobereva 发表于 2022-4-15 04:45
1 完全没这个必要

2 你先了解了解GAFF原子类型的定义，原文和LJ_param.dat里的注释都写得明明白白。不懂 ...

谢谢老师老师解答