使用sobtop生成拓扑文件时跨越晶胞的键无法识别的问题

UTM · 发表于 Post on 2022-4-19 19:30:26

我在使用sobtop生成晶体的拓扑文件时发现在gview和mercury中显示正常的键在生成的itp文件中缺失，包括涉及到这些键的二面角和尖角也都缺失，请问这是sobtop无法识别跨越晶胞分子从而默认将其截断了吗？sob老师的介绍sobtop的帖子中的例6中介绍产生跨越盒子的无限长氯丁二烯聚合物的拓扑文件时提到“对这种体系，只要mol2里记录了跨盒子的键即可”，请问这个该怎么设置呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-19 20:51:54

gview里能看到跨盒子的键，保存出来的mol2文件里自然就有相应的键
如果载入的是pdb文件，而且其中含有晶胞信息，sobtop也能根据距离和原子半径判断跨盒子的键

你不上传具体文件，我没法针对性回答

UTM · 发表于 Post on 2022-4-19 21:19:06

sobereva 发表于 2022-4-19 20:51
gview里能看到跨盒子的键，保存出来的mol2文件里自然就有相应的键
如果载入的是pdb文件，而且其中含有晶胞 ...

mercury中横跨晶胞的键是正常显示的，导出的mol2文件在gview中和VMD中也能正常显示所有的键，但是用sobtop转化的itp文件就会有键的缺失，具体的文件我放在下边了。

UTM · 发表于 Post on 2022-4-19 21:20:00

这是具体的文件

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-19 23:59:52

UTM 发表于 2022-4-19 21:20
这是具体的文件

我不知道你从哪看出来的有键缺失
诸如下图的128-130跨盒子的键，gview和sobtop产生的itp里都有

如果你认为缺了哪个，把具体的原子序号说出来

另外，你传的mol2文件应当不是gview保存出来的

不要提mercury的事，和sobtop没关系

UTM · 发表于 Post on 2022-4-20 00:36:34

sobereva 发表于 2022-4-19 23:59
我不知道你从哪看出来的有键缺失
诸如下图的128-130跨盒子的键，gview和sobtop产生的itp里都有

我看了一下，每个分子应该缺了11个键，分别是：
17-24苯环碳碳键
20-22苯环碳碳键
22-24苯环碳碳键
39-40苯环碳碳键
39-46苯环碳碳键
40-42苯环碳碳键
42-43苯环碳碳键
42-48碳氮键
43-44苯环碳碳键
44-46苯环碳碳键
48-50碳氮键
我的mol2文件是由CCDC下载的cif文件用mercury导出成mol2文件的，这样和使用gview导出的mol2文件有什么区别吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-20 00:55:01

UTM 发表于 2022-4-20 00:36
我看了一下，每个分子应该缺了11个键，分别是：
17-24苯环碳碳键
20-22苯环碳碳键

1.itp (201.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

基于你的cif，我通过gview保存出来mol2文件，再用sobtop产生的itp文件上传了，你说的那些键在[bonds]里全都有，一个都不少。

我不用mercury，sobtop网页上所有教程也都不用mercury。跟mercury有关的问题我一概不评论和回复。我也不知道为什么提问时非要把mercury搀和进来。牵扯没必要牵扯的因素只会把问题无意义地复杂化。

UTM · 发表于 Post on 2022-4-20 09:16:10

sobereva 发表于 2022-4-20 00:55
基于你的cif，我通过gview保存出来mol2文件，再用sobtop产生的itp文件上传了，你说的那些键在里全都 ...

好的，谢谢sob老师，我自己去试试
使用mercury是因为它是CCDC的软件，在晶体研究中是比较常用的且有直接生成mol2文件的功能，所以就使用了，没想到会存在这种问题

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