CP2K做AIMD时如何避免真空层中分子与表面结构的底部原子作用？

猫小琪 · 发表于 Post on 2022-4-10 23:07:15

本帖最后由猫小琪于 2022-4-10 23:13 编辑

求助：在使用CP2K，做AIMD模拟固体表面与溶剂（H2O2）反应过程时，由于周期性，溶剂分子可能会与固体结构的下表面作用，影响结果。应该如何设置，才能保证溶剂与下表面存在一个真空区域？CP2K中有没有类似lammps中的反射墙的设置？

ma455173220 · 发表于 Post on 2022-4-11 05:13:15

本帖最后由 ma455173220 于 2022-4-11 05:15 编辑

三个参数要设置一下：
(1) z轴参数弄大些，至少让分子与下表面间隔15A。
(2) &CELL
      PERIODIC  XY
   &END CELL
(3) &POISSON
      PERIODIC XY #Direction(s) of PBC for calculating electrostatics
      PSOLVER ANALYTIC #The way to solve Poisson equation
&END POISSON

猫小琪 · 发表于 Post on 2022-4-11 07:58:47

本帖最后由猫小琪于 2022-4-11 08:00 编辑

ma455173220 发表于 2022-4-11 05:13
三个参数要设置一下：
(1) z轴参数弄大些，至少让分子与下表面间隔15A。
(2) &CELL

这个不行，我温度比较高。在计算过程中，发现分子是一点点的跑到真空区域，并且不回来了。后面两个我也设置了。

highlight · 发表于 Post on 2022-4-11 08:46:47

我只知道 QMMM 和 metadynamics 里有 wall
https://manual.cp2k.org/cp2k-9_1 ... N/METAVAR/WALL.html
https://manual.cp2k.org/cp2k-9_1 ... VAL/QMMM/WALLS.html

猫小琪 · 发表于 Post on 2022-4-11 10:33:06

highlight 发表于 2022-4-11 08:46
我只知道 QMMM 和 metadynamics 里有 wall
https://manual.cp2k.org/cp2k-9_1-branch/CP2K_INPUT/MOTION/F ...

我也注意到了，就是不知道能不能用到普通的AIMD模拟中

丁越 · 发表于 Post on 2022-4-11 10:33:57

试试添加限制势：https://manual.cp2k.org/cp2k-9_1 ... RNAL_POTENTIAL.html
这里面给了一个简单的添加球形限制势的例子：https://www.cp2k.org/exercises:2015_cecam_tutorial:mtd1

猫小琪 · 发表于 Post on 2022-4-11 11:45:53

丁越发表于 2022-4-11 10:33
试试添加限制势：https://manual.cp2k.org/cp2k-9_1-branch/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/EXTERNAL_POTENTIAL.htm ...

function计算的数值是作用在原子上的力吗？

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