请问聚合物体系总能量和势能都为正值正常吗？

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-5-6 20:04:00

本帖最后由高处裹棉被于 2022-5-6 21:03 编辑

各位老师好，我用sobtop创建的聚合物拓扑结构，并按照博文内容在gas下给聚合物计算了RESP原子电荷，

随后我构建了一个box并往里面放了一条100重复单元的聚合物链，打算简单测试一下密度和文献值的偏差，em后在NPT系综下常压升温至623K左右，平衡相跑了大概10ns，

但分析结构后发现势能为正，总能量也为正，而且都比较大，

想请问一般势能不都为负吗？同时轨迹发现聚合物部分跑出盒子外了，这样会和其镜像作用上吗？（最终box大小为2.98*2.98*2.98，而cutoff取了1.4nm）

初看密度和文献值差不太多，但合理吗？

感谢各位老师解答！

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-8 10:17:38

搞清楚势函数怎么定义的，自然就知道没什么必然的异常。是正是负显然看体系。搞清楚对势能起正、负贡献的因素都是什么，经典力场的势函数形式简单极了。
当前盒子偏小。建议复制延展成2*2*2的盒子再计算，否则数据可能遭质疑。

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-5-8 13:36:08

sobereva 发表于 2022-5-8 10:17
搞清楚势函数怎么定义的，自然就知道没什么必然的异常。是正是负显然看体系。搞清楚对势能起正、负贡献的因 ...

谢谢老师解答，我查阅了相关文献，势能为正应该是因为体系过于紧凑，成键项起主要正贡献，也查到相关文献中给出类似体系势能为正，Evdw,Ecoul为负起负贡献，不知道我这些理解是否正确？

另外想请问老师，再对盒子延展后计算，NPT系综下平衡后盒子不还是会收缩吗？老师的意思是一开始用的初始盒子就放大点吗？（我一开始使用了7*7*7的盒子然后加了高压让它快速收缩的）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-8 14:37:45

高处裹棉被发表于 2022-5-8 06:36
谢谢老师解答，我查阅了相关文献，势能为正应该是因为体系过于紧凑，成键项起主要正贡献，也查到相关文献 ...

sob老师指的是你把盒子尺寸放大成原来的2倍的同时，分子数放大成原来的8倍。不是说在固定分子数的情况下放大盒子

HONEYJ · 发表于 Post on 2022-9-18 11:31:52

高处裹棉被发表于 2022-5-8 13:36
谢谢老师解答，我查阅了相关文献，势能为正应该是因为体系过于紧凑，成键项起主要正贡献，也查到相关文献 ...

您好，能求下这篇文献的DOI吗

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-9-18 14:53:40

HONEYJ 发表于 2022-9-18 11:31
您好，能求下这篇文献的DOI吗

我之前是搜各类平衡聚合物盒子的文献的，没特指哪一篇，你谷歌学术一下应该都有

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[GROMACS] 请问聚合物体系总能量和势能都为正值正常吗？

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