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[新手求助] 使用gaussian计算晶体结构中复杂氢键的方法求助

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请问各位老师和同学,我想计算晶体结构中水分子与主体分子形成的氢键键能,但是水分子形成的氢键较多,且将单个主体分子与水分子拎出来优化的话会形成晶体结构中没有的氢键。但选择几个分子一起优化的话得到的结构和晶体结构完全不符,这种情况下该怎么得到氢键键能数据呢?(我的想法是能不能从晶胞中取出几个分子,然后将主体分子的重原子全部冻结,只优化主体分子的氢原子及水分子得到结构,然后通过BSSE或者BCP的方法得到氢键键能,这样误差会大吗?单个主体分子优化后的结构与SCXRD解出来的结构相差不大,优化后能量大概降低了0.28 a.u.。)

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发表于 Post on 2022-4-13 01:19:24 | 只看该作者 Only view this author
描述太抽象,直接给个结构图
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-13 02:05:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-13 01:19
描述太抽象,直接给个结构图

结构图如下图:C:\Users\98572\Desktop\1.png
图中省略了氢原子,红色为水,分别与三个主体分子形成氢键,并与相邻的水分子也形成氢键。

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发表于 Post on 2022-4-13 02:31:43 | 只看该作者 Only view this author
只优化氢原子就行了。

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发表于 Post on 2022-4-13 14:03:57 | 只看该作者 Only view this author
同上,只优化氢而冻结重原子
下文也说了这事
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-13 14:40:43 | 只看该作者 Only view this author
indec 发表于 2022-4-13 02:31
只优化氢原子就行了。

好的,谢谢回答。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-13 14:41:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-13 14:03
同上,只优化氢而冻结重原子
下文也说了这事
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要 ...

好的,谢谢sob老师。

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