关于.mdp文件中的DPOSRES的问题

lufenghxu

1.如果.mdp文件中define=DPOSRES,是不是只有ifdef POSRES部分起作用，至于其他的（ifdef POSRES_jz4）不起作用。
2.位置限制设置里面，
; Include Position restraint file
#ifdef POSRES_chain
#include "posre_chain_A2.itp"
#endif

该行（#ifdef POSRES）是什么作用？下面一行我理解是给出限制文件的名称。
3.如果要限制添加的离子或者原来结构中的离子，如何生成限制文件？是通过genrestr，然后把限制的itp文件追加到topol.top文件后面吗？文件名是不是可以任意？

sobereva

1 是。那是define = -DPOSRES

2 用了define = -DPOSRES_chain时下面的生效。这叫预处理指令

3 不要管具体是什么文件、叫什么名，grompp只看字段出现的位置。对某分子通过[ position_restraints ]做位置限制，必须写在此分子的[ moleculetype ]后面而其它分子定义的前面

lufenghxu

sobereva 发表于 2022-4-9 00:15
1 是。那是define = -DPOSRES

2 用了define = -DPOSRES_chain时下面的生效。这叫预处理指令

老师，我检查了lysozyme教程里面的.mdp,top文件，发现在top文件里面有如下的内容，但是nvt.mdp,npt.mdp里面的文件里面都是-DPOSRES，而不是POSRES_WATER。既然如此是不是，意味着水的[ position_restraints ]在平衡阶段不起作用是吧？那这个限制什么时候起作用？
top文件中水的[ position_restraints ]：

; Include water topology
#include "amber99sb-ildn.ff/spce.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif
还有一个问题：你的培训教程里面蛋白质-配体部分，topol.top文件里面好像比一般的top文件多这么一项，
; Include chain topologies
#include "BEN_GMX.itp"
#include "topol_Protein_chain_A.itp"
#include "topol_Ion_chain_A2.itp"

一般的top文件好像只有这一项：

; Include forcefield parameters
#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"

是因为这个top文件里面没有[atomtype],[bond]等内容吗？这些内容都被放在了itp里面。这些#include能不能把topol_Protein_chain_A.itp(蛋白质)和topol_Ion_chain_A2.itp（钙离子）分开，能合并写一起吗？他们的顺序有什么要求？ppt里面的解释不明白，为什么atomtype先出现就把它放在前面啊。

sobereva

lufenghxu 发表于 2022-4-11 11:14
老师，我检查了lysozyme教程里面的.mdp,top文件，发现在top文件里面有如下的内容，但是nvt.mdp,npt.mdp里 ...

1 是
教程不是我写的，没法回答
本来限制所有的水的位置也派不上任何用场
你既然有我讲的GROMACS培训班的讲义就没必要再看那些教程。网上的乱七八糟教程很多都是不科学、不合理、有误导性的

2 ppt里说得还不明白？？？


认真、仔细、反复复习培训班讲义里“GROMACS的使用基础”部分，说得绝对没法更明白，该说的我在课上全都说了

lufenghxu

谢谢老师解答！