使用sobtop创建带芳香环体系时是否应统一mol2文件苯环键级书写？

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-4-14 17:53:49

本帖最后由高处裹棉被于 2023-2-12 13:48 编辑

各位老师好，因建模需要我用MS创建了带芳香环的体系并导出mol2文件，在导入sobtop后顺利创建了拓扑文件结构，
但对比例子中给出苯甲酸甲酯的mol2文件后，我发现二者的苯环键键连关系处并不统一，由MS产生的为am，而例子中给出的是Ar，

虽然后续生成了improper项，跑真空下md后观察VMD环状结构合理维持，但并不清楚sobtop是否真的成功识别了苯环？

最后谢谢各位老师解答！

现该问题相关可直接搜索sob老师的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-34520-1-1.html

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-15 04:26:26

芳环上的键必须标记为ar，mol2文件有统一规范。M$导出的根本不合理

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[Sobtop] 使用sobtop创建带芳香环体系时是否应统一mol2文件苯环键级书写？

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