求助：请问分子动力学各程序轨迹文件的转化

xtt · 发表于 Post on 2022-4-17 22:11:23

请问怎么将gromacs轨迹转化为amber格式，适合新手的方法，看amber文档有点迷糊看不懂？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-17 22:29:36

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-4-17 23:17 编辑

cpptraj -p [filename].prmtop -y [filename].xtc -x [filename].mdcrd
需要amber的prmtop文件，这个文件的作用和gromacs的top文件类似，可以从top文件转换得到

xtt · 发表于 Post on 2022-4-17 23:07:22

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-17 22:29
cpptraj -p filename.prmtop -y filename.xtc -x filename.mdcrd
需要amber的prmtop文件，这个文件的作用 ...

非常感谢，我试试。

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-18 02:17:14

VMD载入GROMACS轨迹后也可以选择保存成AMBER的格式

xtt · 发表于 Post on 2022-4-18 14:09:02

sobereva 发表于 2022-4-18 02:17
VMD载入GROMACS轨迹后也可以选择保存成AMBER的格式

我看了您的课件里写了一句可以用vmd互转，但是vmd我刚开始用，还不是太熟练，save coordinates选项卡好像可以保存rst7，但是我不知道这个格式怎么用来做结合自由能计算，所以尝试了Frozen-Penguin同学的建议拿到了crd格式的文件，目前已经成功做了结合自由能计算。在此非常感谢论坛的老师同学的解答和帮助。

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-19 00:53:37

xtt 发表于 2022-4-18 14:09
我看了您的课件里写了一句可以用vmd互转，但是vmd我刚开始用，还不是太熟练，save coordinates选项卡好像 ...

VMD能保存出来的crd、binpos这些都是AMBER的轨迹格式

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