高斯（ADMP）跑分子动力学求助

fcb0310 · 发表于 Post on 2021-10-10 11:01:58

a,b 为稳定构型，a通过水分子重组转化为b(已经找到了基态过渡态，并且进行了IRC验证)。
目前想用高斯ADMP跑基态分子动力学验证，初始构型为a
输入文件为：#p b3lyp/6-31G(d) admp=(stepsize=5000,maxpoint=1000,NKE=400000,FullSCF) geom=allcheck guess=read
我给了不同的初始原子核动能（nke=100000，200000，400000，500000）,结果表明动能较小水分子位置变化不大，较大时，水分子远离中心分子。最大问题就是水分子重组的动力学没有跑到b构型。
1.除了改变初始原子核动能外，有没有其他参数改进，跑我这个体系的分子动力学？
2.是不是需要其他动力学程序跑水分子重组。
3.希望大家多提建议？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-10 16:09:26

这种反应，即便存在直接从a到b的过渡态，也不排除实际途径是两个水分子先解离开、在周围游荡许久后再回来，因为后者熵有利。所以如果要跑这个动力学，首先要阻止水分子离开，也就是水分子跑远到一定距离就要强制让它们回来；其次不能妄想跑出的轨迹都经过你找的那个过渡态。阻止水分子离开的方法是加限制势，我不知道高斯是否支持，如果不支持，建议改用orca

fcb0310 · 发表于 Post on 2021-10-10 20:51:06

wzkchem5 发表于 2021-10-10 16:09
这种反应，即便存在直接从a到b的过渡态，也不排除实际途径是两个水分子先解离开、在周围游荡许久后再回来， ...

非常感谢，我去加限制势测试一下

sun666 · 发表于 Post on 2021-10-11 00:06:32

wzkchem5 发表于 2021-10-10 16:09
这种反应，即便存在直接从a到b的过渡态，也不排除实际途径是两个水分子先解离开、在周围游荡许久后再回来， ...

请问老师，如果是一个金属离子，在溶液中会形成水合离子的形态。有机分子与离子之间会形成配合物，即磷酸脂其中羟基去质子化（P-O），取代金属离子配位水的这个过程可以用AIMD描述吗。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-11 01:52:00

sun666 发表于 2021-10-10 17:06
请问老师，如果是一个金属离子，在溶液中会形成水合离子的形态。有机分子与离子之间会形成配合物，即磷酸 ...

如果这个过程很快（若干ps就能反应）的话可以，否则不行，跑不动

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-11 04:43:13

fcb0310 发表于 2021-10-10 20:51
非常感谢，我去加限制势测试一下

Gaussian的动力学没法加球形限制势避免水跑走

用ORCA跑这个强得多。而且建议用B97-3c，对当前体系的描述明显好于B3LYP/6-31G*，速度还快得多
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

fcb0310 · 发表于 Post on 2021-10-11 07:51:25

sobereva 发表于 2021-10-11 04:43
Gaussian的动力学没法加球形限制势避免水跑走

用ORCA跑这个强得多。而且建议用B97-3c，对当前体系的描 ...

好的，谢谢老师

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2021-10-11 08:32:31

你既然已经找到了过渡态，就可以考虑找出这一个过程的决速步，然后在决速步的过渡态附近跑BOMD。当然，没有谁能确保提出的解决办法有效，跑这种分子动力学总会有出现意料之外的情形的可能。

sun666 · 发表于 Post on 2021-10-11 09:07:38

wzkchem5 发表于 2021-10-11 01:52
如果这个过程很快（若干ps就能反应）的话可以，否则不行，跑不动

实际上是[Ni(H2O)6]2+与萃取剂分子反应（萃取剂分子为膦脂类），最终是1个[Ni(H2O)6]与2个膦酸脂分子反应，最终取代掉水合层的4个水。这个过程可否拆成以下两步，并找到决速步（以A-代表有机膦脂类分子）：
1.[Ni(H2O)6]2+ 与A-反应取代掉两个水生成[Ni(H2O)4A]+
2.[Ni(H2O)4A]+与A-反应再取代两个水生成[Ni(H2O)2A2]+

fcb0310 · 发表于 Post on 2021-10-11 20:33:58

sobereva 发表于 2021-10-11 04:43
Gaussian的动力学没法加球形限制势避免水跑走

用ORCA跑这个强得多。而且建议用B97-3c，对当前体系的描 ...

老师，我在用ORCA测试AIMD，用的就是您给的例子（[Al(H2O)6]3+与NH3之间的质子转移），输入文件为complex.inp（在file.zip中得到的）,但是没有pos.xyz文件生成，这是为什么？（ORCA我在安装完后，用您给的test.gjf测试过，正常结束）

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-11 20:46:24

fcb0310 发表于 2021-10-11 20:33
老师，我在用ORCA测试AIMD，用的就是您给的例子（[Al(H2O)6]3+与NH3之间的质子转移），输入文件为complex ...

如果输出信息正常，可能没找对文件位置。弄清楚什么是当前目录，实在不行把xyz文件输出位置写成绝对路径

fcb0310 · 发表于 Post on 2021-10-11 21:07:00

sobereva 发表于 2021-10-11 20:46
如果输出信息正常，可能没找对文件位置。弄清楚什么是当前目录，实在不行把xyz文件输出位置写成绝对路径

好的，谢谢老师

zhb · 发表于 Post on 2022-4-16 08:27:53

wzkchem5 发表于 2021-10-11 01:52
如果这个过程很快（若干ps就能反应）的话可以，否则不行，跑不动

老师，打扰您一下，我也接触到了这个问题，请问老师有什么其他方法可以理论上计算描述有有机分子与离子形成配合物时，有机分子的羟基去质子化这个过程么？麻烦老师了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-4-17 02:26:28

zhb 发表于 2022-4-16 01:27
老师，打扰您一下，我也接触到了这个问题，请问老师有什么其他方法可以理论上计算描述有有机分子与离子形 ...

标准方法就是找过渡态。如果你要研究的反应特别快，几ps就能发生，那么AIMD比较合适，结果更可靠一些。对于不是那么快的反应，AIMD一般跑不动

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