角度大小概率的数据统计

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-3-29 17:17:46

各位老师好，我在Amber进行动力学模拟后，想要统计其中三个指定原子的角度大小的概率，得到类似下面的图。请问该如何提取这种数据？file:///C:/Users/fdd/AppData/Roaming/Tencent/Users/1152982269/QQ/WinTemp/RichOle/M2GD%7B4PVXT$MZ4O8DX4%7B_.pngfile:///C:/Users/fdd/AppData/Roaming/Tencent/Users/1152982269/QQ/WinTemp/RichOle/M2GD%7B4PVXT$MZ4O8DX4%7B_.png（我在Amber说明书中找到了angle [<dataset name>] <mask1> <mask2> <mask3> [out <filename>] [mass]这个命令，但运行过发现不对）

sobereva · 发表于 Post on 2016-4-3 14:40:42

不知道你是怎么用的angle命令，用对了是可以得到的。

或者你用VMD读入amber轨迹，也可以得到每一帧的角度值，然后在origin里做频数统计并作图

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[Amber] 角度大小概率的数据统计