求助：采用对接的构象模拟，小分子在蛋白表面慢慢迁移？

xtt

蛋白配体复合物的水溶液模拟50ns，配体小分子从初始位置慢慢沿着蛋白表面移动了很远，最后差不多快到蛋白质的另一侧，初始构象是用autodock对接的优势构象，这是什么情况啊？

sobereva

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

具体什么体系（起码截个图），具体怎么模拟的，什么细节都没有没人能回答

xtt

sobereva 发表于 2022-4-15 18:38
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http:// ...

谢谢老师提醒，我重新补充了信息，请大家帮我看看。
采用autodock对接得到的复合物初始结构（蛋白同源模板为actVA-orf6,小分子配体为nanaomycin D）,对接参数如图（conformation info），使用AMBER14SB+GAFF力场，TIP3P，用gromacs软件进行能量最小化（最速下降法），NVT模拟100ps（蛙跳算法）, NPT模拟100ps（蛙跳）, 成品模拟 （蛙跳）50ns, 前40ns小分子基本只在初始结构附近小范围运动，41ns后开始沿着垂直于β-折叠的方向在蛋白表面移动，采集49.35ns的构象（绿色）与初始结构（蓝色）叠合，小分子距离初始构象较远。同样的参数和方法模拟的nanaomycin A(nanaomycin D五元环开环的产物)模拟前后构象差异不大。不知道这个模拟中nanaomycin D顺着蛋白表面移动是由于化合物的特性导致的正常现象，还是其他什么原因？我要怎么解释这个现象呢？

sobereva

xtt 发表于 2022-4-15 20:44
谢谢老师提醒，我重新补充了信息，请大家帮我看看。
采用autodock对接得到的复合物初始结构（蛋白同源模 ...

谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html）
基本上我能评论的都体现在此文里了

xtt

sobereva 发表于 2022-4-16 02:47
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.kei ...

谢谢老师解答，您的文章内容非常丰富。由于当时半柔性对接后又进行了柔性对接，对接构象中打分排名700多的小分子构象位置与模拟最后的小分子构象位置接近，我会考虑使用该构象重新进行模拟；其次，对模拟进行续跑查看小分子的后续运动情况。您文章最后对于结合和解离的分析，很好得解答了我的疑惑。再次感谢老师对于初学者的细心指导。