如何在VMD中利用命令计算配位数

Heritis · 发表于 Post on 2022-4-15 21:58:42

本帖最后由 Heritis 于 2022-4-15 22:02 编辑

请问各位大佬，如何在VMD的console中利用命令计算配位数呀？我在guide里面查到了一个coordNum，但是不会用，这个东西好像和一个叫"cv"的命令有关，但我在console中输入cv提示的是invalid command name "cv"而不是usage，请问这是怎么回事呢？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-17 03:39:07

看你怎么定义配位数
比如成键数目、特定距离内其它某类原子数等等，有不同的计算方式

Heritis · 发表于 Post on 2022-4-17 16:00:47

sobereva 发表于 2022-4-17 03:39
看你怎么定义配位数
比如成键数目、特定距离内其它某类原子数等等，有不同的计算方式

sob老师好，我的体系内只有一种原子，我想定义一个截断半径R，对于每个原子，计算与其距离小于R的原子数目，并且对每一帧都这样处理，请问有相应的命令实现吗？谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-17 22:25:43

Heritis 发表于 2022-4-17 16:00
sob老师好，我的体系内只有一种原子，我想定义一个截断半径R，对于每个原子，计算与其距离小于R的原子数 ...

VMD自带的rdf插件直接就可以算rdf并对rdf进行积分得到对应不同截断距离时的配位数

Heritis · 发表于 Post on 2022-4-18 15:15:04

sobereva 发表于 2022-4-17 22:25
VMD自带的rdf插件直接就可以算rdf并对rdf进行积分得到对应不同截断距离时的配位数

这个插件我用过，可问题在于我希望得到每个原子的配位数的数值，并根据配位数的大小删除一些原子，所以我希望能用脚本进行处理，请问可以吗？

superbaba · 发表于 Post on 2022-4-18 16:40:19

Heritis 发表于 2022-4-18 15:15
这个插件我用过，可问题在于我希望得到每个原子的配位数的数值，并根据配位数的大小删除一些原子，所以我 ...

这种情况可以用ovito

Heritis · 发表于 Post on 2022-4-18 17:24:29

superbaba 发表于 2022-4-18 16:40
这种情况可以用ovito

你好，我用过ovito，可问题是，我的文件太多了，希望用脚本批量处理，但ovito pro要付费才能使用python脚本。

superbaba · 发表于 Post on 2022-4-18 23:59:33

Heritis 发表于 2022-4-18 17:24
你好，我用过ovito，可问题是，我的文件太多了，希望用脚本批量处理，但ovito pro要付费才能使用python脚 ...

想免费的话只能试试老版本了，印象里3.0.0以前不分pro和basic

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-19 00:55:19

Heritis 发表于 2022-4-18 15:15
这个插件我用过，可问题在于我希望得到每个原子的配位数的数值，并根据配位数的大小删除一些原子，所以我 ...

自己写脚本就完了
循环各个原子，利用within选择语句选中距离它特定距离内的原子并得到数目，不满足要求的进行标记。之后保存新结构时只保存满足要求部分的原子就完了

Heritis · 发表于 Post on 2022-4-19 09:13:12

sobereva 发表于 2022-4-19 00:55
自己写脚本就完了
循环各个原子，利用within选择语句选中距离它特定距离内的原子并得到数目，不满足要求 ...

好，谢谢老师。

Heritis · 发表于 Post on 2022-4-19 09:13:36

superbaba 发表于 2022-4-18 23:59
想免费的话只能试试老版本了，印象里3.0.0以前不分pro和basic

我试试，谢谢。

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