求助：使用命令行运行Sobtop产生top文件的小BUG

wangyueda

请问下卢老师，我在Linux下使用Sobtop生成top文件时将相关命令写成Shell脚本，结果运行发现gro,itp文件产生正常，但是top文件没有产生，进一步检查发现
原本文件夹下的用于给Sobtop提供Hessian矩阵的fchk文件的内容被替换成了top文件，这种情况该咋解决？以下是我相关文件

用于运行Sobtop的Shell脚本：

1. #!/bin/bash
   
2. echo -e "EC-opt.mol2
   
3. \n7
   
4. \n10
   
5. \nEC-RESP2-0.5.chg
   
6. \n0
   
7. \n2
   
8. \n
   
9. \n-1
   
10. \n4
    
11. \n1
    
12. \n2
    
13. \n2
    
14. \nEC-opt.fchk
    
15. \n
    
16. \n
    
17. \n0" | ./sobtop |tee EC-top.txt
    
18. #EC-opt.mol2;input mol2 file
    
19. #\n7;7 Assign atomic charges
    
20. #\n10;10 Load atomic charges from .chg file of Multiwfn
    
21. #\nEC-RESP2-0.5.chg;.chg file path
    
22. #\n0;0 Return
    
23. #\n2;2 Generate GROMACS .gro file
    
24. #\n;generate at current path
    
25. #\n-1;-1 Select method for deriving rigid parameters: mSeminario
    
26. #\n4;DRIH method
    
27. #\n1;1 Generate GROMACS topology file
    
28. #\n2;2 Assign GAFF atom types first and then UFF, then go to next step
    
29. #\n2;2 All bonded parameters are determined by DRIH method
    
30. #\nEC-opt.fchk;.fchk file path
    
31. #\n;generate top file in current path
    
32. #\n;generate itp file in current path
    
33. #\n0";exit program
    

复制代码

被替换后的fchk文件内容

sobereva

弄成一行写
echo -e "EC-opt.mol2\n7\n10\nEC-RESP2-0.5.chg\n0\n2\n\n-1\n4\n1\n2\n2\nEC-opt.fchk\n\n\n0" | ./sobtop |tee EC-top.txt

wangyueda

sobereva 发表于 2022-7-14 10:31
弄成一行写
echo -e "EC-opt.mol2\n7\n10\nEC-RESP2-0.5.chg\n0\n2\n\n-1\n4\n1\n2\n2\nEC-opt.fchk\n\n\n ...

好的老师 问下按我写的这个Shell脚本为啥会将fchk文件替换为top文件？

sobereva

wangyueda 发表于 2022-7-14 14:46
好的老师 问下按我写的这个Shell脚本为啥会将fchk文件替换为top文件？

应该是对换行符的识别问题，导致让输入top文件路径那一步输入的是fchk文件路径。
\n作为按回车，也不适合写在命令前头