怎么求稀土元素周围配位数

护卫天使

老师好，学生在用改性壳聚糖（PCS）与稀土离子络合分离，想要用理论去解释络合作用。PCS结构如下图一。PCS和稀土的配位情况通过几何优化发现能和P=O键的O和N原子同时发生配位。我想模拟水溶液中，PCS和La的配位反应。探究在实际体系中，La周围的配位数情况。我看文献壳聚糖和过渡金属能形成配位数为4的情况。那么我想在GROMACS中去模拟是否可行，平时做PCS-la的研究都是取聚合物的单元结构，在模拟实际体系聚合物的结构要怎么画呢？

sobereva

跟GROMACS没丝毫联系，基于经典非反应力场的GROMACS又不可能描述配位键的形成。量化研究只能把聚合物简化成单元数目很有限的模型来考察（顶多再弄成QM/MM）。
如果你打算用GROMACS跑这种体系的动力学，那也是先做opt freq，再依靠sobtop等程序产生和稀土元素相关的bonded参数，然后再构造带稀土原子的聚合物的拓扑文件并做MD