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[新手求助] 关于orca的几个简单的问题

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各位老师,我主要是做离子在晶体(包含过渡重元素)水化表面吸附的,之前主要用的是vasp,因为是带电体系,通过nelect设置电荷,但是还是很难收敛,通过论坛看到sob大大发的帖子,在orca上看到希望。有几个简单的问题:
1、orca作为量子力学软件能不能计算周期性结构,之前的结构是用vasp优化的,是否还需要orca重新优化?能不能计算表面能?
2、800个原子的体系用orca算的话 52核198GB内存的服务器内存是否会溢出产生错误?
3、计算过渡元素相比dmol3的准确度怎么样,磁性体系用orca发文章能不能得到认可?

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发表于 Post on 2021-2-21 21:04:20 | 只看该作者 Only view this author
1 能。但需要恰当处理边界,参考Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)手册2.9.1节关于使用簇模型算周期性体系的一些说明。不需要重新优化

2 看计算级别。通常基本算不动

3 拿ORCA和Dmol3比有种侮辱ORCA的感觉,如同问“法拉利和吉利比如何?”
为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序
http://sobereva.com/508

另外,对于量子化学程序,计算精度取决于计算级别,不在于程序。只有计算级别能对比精度,没法对比程序的精度。ORCA如此主流、在学术界很有声望的程序怎么可能不被认可。

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喵星人

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发表于 Post on 2021-2-21 22:13:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 喵星大佬 于 2021-2-21 23:36 编辑

表面的处理不合理,无论是在周期性计算还是扣出团簇计算,都要恰当的考虑溶剂和电荷。水化表面最好考虑至少一层显式水,电荷的话最好通过抗衡离子处理,原理上也更合理。

orca的计算是扣出团簇来处理的,并不是严格意义上的周期性体系,边界要做恰当处理,否则结果没有意义。

大晶胞的周期性体系用Dmol3(如果已经买了)倒是未尝不可,不过也要恰当考虑前面说道的问题。同时要考虑好截断半径之类的NAO基本身的涉及精度的问题,细节还是比较多的。而且相较vasp的非局域基组,即使NAO的BSSE比较小,但是依旧存在,也需要做恰当的考虑。

再就是800个原子如果是指晶胞的化(包含显式水,真空层等)的化,无论VASP,Dmol3或是扣出团簇用orca(团簇也至少是500个原子以上吧),都应该是没机会的。估计用cp2k里的一些黑科技才有点机会。

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kadbuhao + 2 谢谢,因为我的单胞包含四种元素40个原子,.

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发表于 Post on 2021-2-22 08:16:30 | 只看该作者 Only view this author
量化范畴里,800原子优化问题,几乎只能半经验或者GFN-xTB

如果当周期性体系算,CP2K里开OT用纯泛函结合DZVP档次的基组优化800个原子在你的计算条件下还是能搞的
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发表于 Post on 2021-2-22 10:05:40 | 只看该作者 Only view this author
800原子用分块方法还是有可能的,但是这机器不够

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发表于 Post on 2021-2-22 11:43:12 | 只看该作者 Only view this author
如果吸附离子的不是特别大的话,200个原子左右的体系足够了吧,外面的原子都处理成点电荷就行了。不觉得有用800个原子的体系的必要

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-22 11:59:02 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-2-22 11:43
如果吸附离子的不是特别大的话,200个原子左右的体系足够了吧,外面的原子都处理成点电荷就行了。不觉得有 ...

谢谢。我的单胞是40个原子(4种元素),处理成团簇(吸附面)的话,切面的单胞,就含一个吸附质点,考虑到边界效应的话,多少个原子合适

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