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[CP2K] cp2k电势分布后处理怎么做

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本帖最后由 zzk 于 2022-5-15 20:35 编辑

请问cp2k得到结构后怎么进行电势分布的后处理得到如下图的结果,multiwfn可以做吗

202205152016058525..png (313.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-15 20:27:22 | 只看该作者 Only view this author
类似这种结果

202205152027139878..png (162.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

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发表于 Post on 2022-5-15 20:55:44 | 只看该作者 Only view this author
我也遇到了同样的问题。。。求老师解答!

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发表于 Post on 2022-5-15 21:37:35 | 只看该作者 Only view this author

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
原文贴出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-15 21:50:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zzk 于 2022-5-15 22:56 编辑

这个是论文的方法部分,先通过gmx和cp2k得到结构,然后分析dos和电势这是论文链接

202205152147072143..png (454.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

202205152147072143..png

202205152147484554..png (272.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

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202205152148004344..png (21.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

202205152148004344..png

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发表于 Post on 2022-5-15 23:22:53 | 只看该作者 Only view this author
6式里的rho大抵对应平面平均的电子密度,用下文的方法就可以得到rho在不同z位置的值(文中的密度差改为电子密度)
使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线
http://sobereva.com/638http://bbs.keinsci.com/thread-28225-1-1.html

然后自己写个程序做梯形积分就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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