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[Lammps] 如何修改data文件以获取polymatic聚合时所需要的.lmps文件

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对于polymatic聚合需要的.lmps文件,是需要手动修改data文件添加连接原子相关的参数吗?手动修改的步骤大概是怎样的?我是直接对照着分子模型进行的修改,但运行时显示Error: Linker atons of both types do not exist in system.不知如何解决,还请各位老师多多指点。

错误.png (1.14 MB, 下载次数 Times of downloads: 59)

错误.png

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发表于 Post on 2022-5-29 20:12:33 | 只看该作者 Only view this author
需要手动修改 把没有的原子类型等添加进lmps文件中,types中的原子类型根据修改后的lmps写。
我是建了两个单体连接后的模型 根据它的data文件中的参数 添加到单体混合的lmps文件中

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发表于 Post on 2024-2-5 20:19:48 | 只看该作者 Only view this author
hymn 发表于 2022-5-29 20:12
需要手动修改 把没有的原子类型等添加进lmps文件中,types中的原子类型根据修改后的lmps写。
我是建了两个 ...

我想请问一下  您是怎样建立了两个单体连接后的模型并且得到了data文件的呀 这个过程用了哪些软件呢

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发表于 Post on 2024-2-6 16:04:25 | 只看该作者 Only view this author
yyyyya 发表于 2024-2-5 20:19
我想请问一下  您是怎样建立了两个单体连接后的模型并且得到了data文件的呀 这个过程用了哪些软件呢

你可以试试AuToFF的聚合物模块。

链接:https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/polymers

手册:https://autoff.readthedocs.io/en ... Guide.html#polymers

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发表于 Post on 2024-2-6 17:53:09 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2024-2-6 16:04
你可以试试AuToFF的聚合物模块。

链接:https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/polym ...

好的好的  非常感谢

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发表于 Post on 2024-2-6 18:12:45 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2024-2-6 16:04
你可以试试AuToFF的聚合物模块。

链接:https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/polym ...

我想请问一下 AutoFF导出的data文件前面coeffs的部分后面是没有注释原子类型的  这样的话怎样得到Polymatic需要的type.txt文件呢  只能是对照data文件后面拓扑结构的部分手改一个type.txt文件吗

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发表于 Post on 2024-2-6 22:26:51 | 只看该作者 Only view this author
yyyyya 发表于 2024-2-6 18:12
我想请问一下 AutoFF导出的data文件前面coeffs的部分后面是没有注释原子类型的  这样的话怎样得到Polymat ...

Masses的字段加了原子类型的注释,顺序和Pair Coeffs是一致的

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发表于 Post on 2024-2-7 09:32:18 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2024-2-6 22:26
Masses的字段加了原子类型的注释,顺序和Pair Coeffs是一致的

但是bond coeff 、angle coeff这种是没有注释的呀,type.txt里面也要写这部分的类型吧 那请问这部分是怎么得到呢

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发表于 Post on 2024-3-7 15:37:07 | 只看该作者 Only view this author
yyyyya 发表于 2024-2-5 20:19
我想请问一下  您是怎样建立了两个单体连接后的模型并且得到了data文件的呀 这个过程用了哪些软件呢

用的MS构建 施加cvff力场 转换成lammps的data文件

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发表于 Post on 2024-3-10 10:54:19 | 只看该作者 Only view this author
hymn 发表于 2024-3-7 15:37
用的MS构建 施加cvff力场 转换成lammps的data文件

这样的话我还有一个问题就是  加cvff力场用MS导出后经常会有力场参数缺失的问题  这个是要怎么解决呢

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发表于 Post on 2024-7-9 20:21:51 | 只看该作者 Only view this author
yyyyya 发表于 2024-3-10 10:54
这样的话我还有一个问题就是  加cvff力场用MS导出后经常会有力场参数缺失的问题  这个是要怎么解决呢

可以使用autoff修改力场,力场选择还是很多的~

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发表于 Post on 2025-3-31 21:18:53 | 只看该作者 Only view this author
yyyyya 发表于 2024-3-10 10:54
这样的话我还有一个问题就是  加cvff力场用MS导出后经常会有力场参数缺失的问题  这个是要怎么解决呢

您好,我想请问一下这个定义反应原子如何定义啊?我试着在ms中提前定义好,导出为pdb文件,但是转换为data文件后定义的信息全部都没了,您有什么建议吗?

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