能否用RMD实现环烷烃不同异构体裂解行为的差异

wwangyt@tju.edu · 发表于 Post on 2022-5-17 21:02:48

请教各位老师，本人想借助Lammps软件，采用ReaFF molecular dynamics方法探究环烷烃（两个六元环和一个五元环耦合）的几种不同异构体的裂解机理和动力学差异，可以实现吗？不同异构体通过量化软件已得到，但是在实施RMD时，低温段弛豫的过程中会不会发生构象转化呢？如果发生了，是不是研究就没意义了，也就是说并不能对比出它们之间的裂解差异呢？请各位老师多多指教，感恩~

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-18 02:15:03

算这个没必要用reaxFF
我建议你用xtb程序在GFN-xTB理论下先跑跑，速度极快，xtb也很容易用。等找到感觉了，再用ORCA跑DFT级别的AIMD，参考下文。这样比起用ReaxFF靠谱得多
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

实际是什么情况跑出来自然就知道了

wwangyt@tju.edu · 发表于 Post on 2022-5-20 11:34:14

老师，感恩您的回复。我现在的疑虑是：用xtb程序跑动力学的话，若条件合适，环状区域的各种构象是可以自然而然地被采样的。那么我去对比研究这个环烷烃（两个六元环和一个五元环耦合）体系的异构体（顺反式）的裂解机理和动力学是不是就不太能实现。迷茫新手，恳请老师指点，感恩~

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