关于配置的个人计算用双路电脑效率远低于超算中心电脑

wangyue199471 · 发表于 Post on 2023-12-27 10:00:46

本人组里今年五月配置了一台双路AMD EPYC 7742用来进行vasp计算
详细参数如下
AMD EPYC 7742*2 (共256虚拟核心）
内存 SK 32G*16
主板 Supermicro H11DSi
vasp使用的是vasp.6.3.0版本
使用intel oneapi进行编译的

现在我有两个疑问希望各位大佬能够给与解答：

1.使用256核时的计算效率远低于128核，请问是怎么回事，是双路并行有问题吗？

2.计算一个大体系约300多原子的大体系，我用128核计算时的效率远远低于超算中心的双节点8369B（共128核）的计算速度，我想到有差距但没想到差距这么大，请问是什么原因？

喝杯热水 · 发表于 Post on 2023-12-27 10:03:27

本帖最后由喝杯热水于 2023-12-27 10:06 编辑

1. 高性能计算不要使用超线程。
2. EPYC使用oneAPI会有明显性能损耗。以及你这两个CPU,EPYC7002是19年发布的，Xeon 8369B今年发布的，性能有差异又很正常。

不想损失太多性能，可以考虑AOCC+AOCL编译VASP。

喝杯热水 · 发表于 Post on 2023-12-27 10:15:24

另外你尝试再降低核心数运行。可能会比128核心满核心更快一点。

abin · 发表于 Post on 2023-12-27 11:11:38

AVX-512 increases the vector width that allow applications
to leverage more floating point operations per clock cycle.
Several HPC applications take advantage of AVX-512
and see a performance boost, including VASP, NAMD, GROMACS, LAMMPS, and FSI applications.

7742不支持AVX512指令集. 可能效果差很多, 尤其是跑VASP多核心并行.

使用AMD是有代价和前提的. 不要瞎折腾.

wangyue199471 · 发表于 Post on 2023-12-27 13:23:53

喝杯热水发表于 2023-12-27 10:03
1. 高性能计算不要使用超线程。
2. EPYC使用oneAPI会有明显性能损耗。以及你这两个CPU,EPYC7002是19年发布 ...

感谢感谢

wangyue199471 · 发表于 Post on 2023-12-27 13:27:35

abin 发表于 2023-12-27 11:11
7742不支持AVX512指令集. 可能效果差很多, 尤其是跑VASP多核心并行.

使用AMD是有代价和前提的. 不 ...

那样怎么能够提升效率呢

abin · 发表于 Post on 2023-12-27 14:09:02

wangyue199471 发表于 2023-12-27 13:27
那样怎么能够提升效率呢

关闭超线程,
不要使用Intel OneAPI.

或者使用8369B这种处理器?

其他的就不讲了, 容易被各种抨击....

具体可以自行了解, 核心与内存通道, 以及NUMA等相关信息.

wangyue199471 · 发表于 Post on 2023-12-27 18:04:17

abin 发表于 2023-12-27 14:09
关闭超线程,
不要使用Intel OneAPI.

好的感谢

zmjsce · 发表于 Post on 2024-1-7 14:04:10

http://www..cn/schemedetails-302.html http://www..cn/schemedetails-288.html

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