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[新手求助] 关于开壳层单重态过渡态的计算

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本帖最后由 一骑星尘 于 2022-4-3 20:27 编辑

最近在算两个自由基之间的反应,反应前有两个单电子,反应后没有单电子,想问下大家对于这种情况下,找过渡态是不是应该设置整体的自旋多重度为1,然后在基组前面加u,以及guess=mix关键词进行计算?还有没有需要注意的点呢?谢谢大家

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-3 19:06:03 | 只看该作者 Only view this author
还是要自旋多重度为1和3的情况下都进行寻找?

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发表于 Post on 2022-4-3 20:02:01 | 只看该作者 Only view this author
一骑星尘 发表于 2022-4-3 19:06
还是要自旋多重度为1和3的情况下都进行寻找?

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-4-3 20:05:18 | 只看该作者 Only view this author
“基组前面加u”开玩笑
先确认这个反应到底有没有过渡态,很多情况俩自由基反应根本没过渡态
把具体反应物贴出来,免得别人猜着回答
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-3 20:28:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-3 20:05
“基组前面加u”开玩笑
先确认这个反应到底有没有过渡态,很多情况俩自由基反应根本没过渡态
把具体反应 ...

好的社长,我已经把反应式图片放上了,怎么样才能看这个反应有没有过渡态呢?如果想找的话应该怎么找呢?谢谢

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发表于 Post on 2022-4-3 22:28:47 | 只看该作者 Only view this author
一骑星尘 发表于 2022-4-3 13:28
好的社长,我已经把反应式图片放上了,怎么样才能看这个反应有没有过渡态呢?如果想找的话应该怎么找呢? ...

先查文献,了解碳自由基和Ag(II)-OR键反应一般是什么机理,是形成C-Ag键再还原消除,还是按SH2机理碳自由基从Ag原子的背面进攻氧原子。然后按文献结论来摆放反应物,作为找过渡态的初猜。
此外注意,实验文章画的F3CO-Ag(II)-F这样的物种,其实未必是monomeric的,很可能是多聚物。应该查文献了解一下二价银的氟化物在溶液里一般是什么形式(必须找计算文章,或者测了聚集态的实验文章。那些只证明了Ag和F元素比例是1:2就说是AgF2的文章不要信),然后按文献结论构建反应物结构。产物Ag(I)F同理,几乎不可能是单分子的,而是(AgF)n多聚体团簇,这个n应该是多少、Ag和F的构型如何,乃至团簇表面有没有配溶剂、配了多少个溶剂分子,都需要查文献确定。查不到文献就用molclus(http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html)自己做构型搜索计算。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-4 09:50:00 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-3 22:28
先查文献,了解碳自由基和Ag(II)-OR键反应一般是什么机理,是形成C-Ag键再还原消除,还是按SH2机理碳自由 ...

好的,如果是先形成C-Ag键再进行还原消除,似乎也存在着一个整体上两个单电子到无单电子的一个过程,对于这种过程的过渡态应该如何计算呢?自旋多重度应该如何设置?用什么关键词呢?

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发表于 Post on 2022-4-4 12:29:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 fatpig 于 2022-4-4 12:30 编辑

如果是我的话:
a. 先做triplet的单点,stable=opt
b. 用+u读triplet的guess,做singlet (open-shelled singlet, OSS)的单点, stable=opt
c. 确认OSS在stable之后存在且能量确实比triplet低(当然高一点也无妨,可能优化后变低)
d. OSS单点读上一步的guess,算freq,确认振动虚频是否是需要的
e. ts, readfc做opt

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发表于 Post on 2022-4-4 15:14:18 | 只看该作者 Only view this author
一骑星尘 发表于 2022-4-4 02:50
好的,如果是先形成C-Ag键再进行还原消除,似乎也存在着一个整体上两个单电子到无单电子的一个过程,对于 ...

自旋多重度设为1,但是初猜要用broken symmetry初猜
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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发表于 Post on 2022-4-8 16:26:33 | 只看该作者 Only view this author
一般来说,先一个stable=opt任务拿到BS的波函数,后续的任务读这个波函数在做
不过建议check这个反应是Sh2还是自由基进攻Ag中心的过程
看上去像是nku某老师的体系hhh

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发表于 Post on 2022-5-31 20:42:29 | 只看该作者 Only view this author
可以用QST2,虽然很可耻。但我一试就出来了

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