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[波函数分析求助] 求助:用multiwfn结合VMD绘制静电势(ESP)的时候,如何解决键连问题

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本帖最后由 KYJY 于 2022-5-26 19:06 编辑

各位老师,大家好,我用VMD绘制表面静电势图的时候,载入fch文件,通过表面顶点着色方式展现分子范德华表面静电势分布,发现金属原子和配体之间没有键连,我用VMD中的MOUSE中的ADD BONDS选中原子添加键长,并没有发现有键连接,请问各位老师们有没有遇到相似的问题,最后是怎么解决的?如下图

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发表于 Post on 2022-5-26 18:23:07 | 只看该作者 Only view this author
自己手动连上

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-26 19:05:05 | 只看该作者 Only view this author

老师,我用连接键的没连上,老师方便说下怎么连吗

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发表于 Post on 2022-5-26 20:17:02 | 只看该作者 Only view this author
就是用下文说的add bonds
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html

如果点击两个原子但没有出现新的键,大概率是你没点到原子正中央,或者点到表面顶点上去了(点原子之前在VMD Main里双击对应表面顶点的那个ID旁边的D字母将之取消显示以避免点到表面顶点)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-26 20:33:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-26 20:17
就是用下文说的add bonds
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534(http: ...

好的,谢谢老师,谢谢您,我待会看下

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