GROMACS是否可以按照区域施加牵引力？

DeductionV · 发表于 Post on 2023-1-13 11:44:18

之前我一直采用pull-code的方式对某个组施加牵引力，现在看到一篇文章采用不同的方法：对某个区域内的水分子施加力，一旦水分子离开了这个区域就不施加力。gromacs中施加力是要对一个确定原子数量的组加力吧，在模拟的过程中这个区域的水分子肯定一直会变，所以不能始终对同一个组施加牵引力，有没有什么方法可以实现仅对这个区域施加力呢？
文中就是对III区域施加力，以此造成I和II之间的静水压
来源：Biophysical Journal 86(1) 50–57

DeductionV · 发表于 Post on 2023-1-13 11:57:43

文中使用NAMD2实现的该功能

mol · 发表于 Post on 2023-1-14 08:59:47

有点意思，原理上不难，可能就是没有开发相应的功能

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[GROMACS] GROMACS是否可以按照区域施加牵引力？