turbomole和高斯计算文件，怎样转化？

小范范1989

最近看了看帅老师，彭老师，还有牛老师的momap。他们的计算文件是turbomole的计算，但是，我们这边是高斯计算，两者计算的文件能不能转化一下？
因为，momap开始的文件，就是需要turbomole计算出来的。但是，高斯没办法计算。how to do？thanks
顺带问一下，假如说通过dalton计算隙间跨越速率，等

计算s1-t1的旋轨耦合，输入文件是基于谁的结构？t1的？

计算t1-s1的旋轨耦合，输入文件是基于谁的结构？t1的？

计算s0-t1的旋轨耦合，输入文件是基于谁的结构？s0的？

thanks two

sobereva

没有办法直接转换，必须改写接口。
正好前一阵子就把一个团簇搜索程序的Turbomole接口改成了Gaussian接口（turbomole实在难用）。当然前提是高斯能计算出momap要获得的信息。

小范范1989

sobereva 发表于 2014-11-29 21:20
没有办法直接转换，必须改写接口。
正好前一阵子就把一个团簇搜索程序的Turbomole接口改成了Gaussian接口 ...

我看momap，期初是通过计算，得到coord，还有modes等等，这些是通过turboole得到的吧？而且后面计算，用到了这些modes，coord。
我这只能高斯计算，那怎么才能得到这些文件。我给你看看coord的内用：
$coord
    0.00000000000000      0.00000000000000     -4.64314597743784  c
   -2.39811640048456      0.00000000000000     -3.51977124768280  c
   -3.01807498384126      0.00000000000000     -0.94494029373839  c
    2.39811640048456      0.00000000000000     -3.51977124768280  c
   -1.41860395373020      0.00000000000000      1.15202113303329  c
    3.01807498384126      0.00000000000000     -0.94494029373839  c
    1.41860395373020      0.00000000000000      1.15202113303329  c
    0.00000000000000      0.00000000000000     -6.71654483923331  h
   -4.00241373828625      0.00000000000000     -4.82958299394515  h
   -5.04650147488635      0.00000000000000     -0.50961265856566  h
    4.00241373828625      0.00000000000000     -4.82958299394515  h
    5.04650147488635      0.00000000000000     -0.50961265856566  h
   -2.17729665888652      0.00000000000000      3.70454600247217  c
   -4.13314714263836      0.00000000000000      4.36113822357443  h
    0.00000000000000      0.00000000000000      5.23298367995125  c
    0.00000000000000      0.00000000000000      7.29911080642416  h
    2.17729665888652      0.00000000000000      3.70454600247217  c
    4.13314714263836      0.00000000000000      4.36113822357443  h
$user-defined bonds
$redundant
     number_of_atoms            18
     degrees_of_freedom         17
     internal_coordinates       17
     frozen_coordinates          0
# definitions of redundant internals
   1 k  1.0000000000000 stre   1    8           val=   2.07340
   2 k  1.4142135623731 stre  13   14           val=   2.06312
   3 k  1.0000000000000 stre  15   16           val=   2.06613
   4 k  1.4142135623731 stre   3    2           val=   2.64842
   5 k  1.0000000000000 stre   5    7           val=   2.83721
   6 k  1.4142135623731 stre   5    3           val=   2.63734
   7 k  1.4142135623731 stre   3   10           val=   2.07461
   8 k  1.4142135623731 stre   5   13           val=   2.66289
   9 k  1.4142135623731 stre   2    9           val=   2.07108
  10 k -2.1642373531230 bend   7    3    5      val=  -0.11644
        1.4976987180649 bend   5    2    3
       -0.5345224838248 bend   3    1    2
       -0.5345224838248 bend   2    4    1
        1.4976987180649 bend   1    6    4
       -2.1642373531230 bend   4    7    6
        2.4021222377657 bend   6    5    7
  11 k  1.4142135623731 stre  13   15           val=   2.66021
  12 k -1.0000000000000 bend  15   14   13      val=  -0.63172
        1.0000000000000 bend   5   14   13
  13 k  1.0000000000000 bend   1    9    2      val=  -0.01081
       -1.0000000000000 bend   3    9    2
  14 k -1.0000000000000 bend   5   10    3      val=   0.21420
        1.0000000000000 bend   2   10    3
  15 k  1.4142135623731 stre   1    4           val=   2.64819
  16 k  0.3908790151697 bend   7   13    5      val=   0.04213
       -0.6324555320337 bend   5   15   13
        0.6324555320337 bend  13   17   15
       -0.3908790151697 bend  15    7   17
  17 k  0.6665386350580 bend   7    3    5      val=  -0.24011
       -0.2966375991822 bend   5    2    3
       -0.5345224838248 bend   3    1    2
        0.5345224838248 bend   2    4    1
        0.2966375991822 bend   1    6    4
       -0.6665386350580 bend   4    7    6
        17 non zero eigenvalues  of BmBt
           1           4.215461071    1    0
         1
           2           3.866538446    2    0
         2
           3           3.762399758    3    0
         3
           4           3.114164336    4    0
         4
           5           2.832850318    5    0
         5
           6           2.671598130    6    0
         6
           7           2.117314734    7    0
         7
           8           1.992104478    8    0
         8
           9           1.652873197    9    0
         9
          10           0.943866975   10    0
        10
          11           0.513381843   11    0
        11
          12           0.400976435   12    0
        12
          13           0.354197190   13    0
        13
          14           0.334285935   14    0
        14
          15           0.268424759   15    0
        15
          16           0.212581071   16    0
        16
          17           0.118042886   17    0
        17
$end

sobereva

文件的信息不可能直接能完全对应上，应该先看momap程序读哪些信息，再看通过高斯什么任务能输出出相应的信息。
估计就是几何优化出的坐标、振动分析得到的振动模式、频率，以及力常数矩阵等等

小范范1989

偶，谢谢sob:lol

mengzi

小范范1989 发表于 2014-11-29 22:02
我看momap，期初是通过计算，得到coord，还有modes等等，这些是通过turboole得到的吧？而且后面计算，用 ...

最近在学习turbomole，感觉好难用的样子，老师您是用脚本交作业么？

小范范1989

mengzi 发表于 2014-12-26 18:39
最近在学习turbomole，感觉好难用的样子，老师您是用脚本交作业么？

我用的都是高斯09.没用tur，这个我不知道，不好意思，

mengzi

小范范1989 发表于 2014-12-26 18:51
我用的都是高斯09.没用tur，这个我不知道，不好意思，

还是多谢您了

sobereva

mengzi 发表于 2014-12-26 18:39
最近在学习turbomole，感觉好难用的样子，老师您是用脚本交作业么？

turbomole是比较麻烦，还不如用orca，免费，速度快，turbomole能实现的也基本都能实现

mengzi

多谢Sob的回复

小范范1989

mengzi 发表于 2014-12-26 18:57
还是多谢您了

哈哈，很高兴能和你交流，你可以问问，清华帅大牛他们组，我当时看了一个软件，他们就是用tur计算，

mengzi

小范范1989 发表于 2014-12-27 09:01
哈哈，很高兴能和你交流，你可以问问，清华帅大牛他们组，我当时看了一个软件，他们就是用tur计算，

是帅志刚老师那个课题组？

小范范1989

mengzi 发表于 2014-12-27 09:41
是帅志刚老师那个课题组？

对，应该是、帅老师的组。

去去去

小范范1989 发表于 2014-11-29 22:02
我看momap，期初是通过计算，得到coord，还有modes等等，这些是通过turboole得到的吧？而且后面计算，用 ...

老师您好 想请问一下如果使用turbomole做s0的优化计算 那输出文件里 优化好的结构坐标是在 coord 里面还是在 s0.xyz 里面呢?
感觉用orca算的时候的优化坐标和s0.xyz里的差不多 但是看到有人是用coord里面的坐标算的nto

Boer

老师们好，想请问一下参考文献中使用的软件是turbomole，SI中有其计算体系的坐标，但是我现在用的软件是高斯，想借鉴一下他的原子坐标有什么办法吗？我尝试过将他的坐标拷贝，但是好像键连关系有点混乱，不知道该怎么样才能够将他的坐标用到高斯中。请老师们给予一些建议，谢谢~