求助 rerun报错

土拔鼠

我的体系是蛋白-有机溶剂-底物 在产生相模拟200 ns后 按照培训班中的Actos4 例子去进行rerun

200ns的轨迹rerun了2天都没有结束

我之后kill掉任务 重新rerun看了一下 在rerun的前10分钟 cpu都是满载24核同时在跑 md.log也在不断更新 十分钟之后 突然变成单核在运行整个gmx 并且后台出现了很多名称为“dd_dump_err_0_n10”的pdb文件 并且在变成单核运行之后 md.log就不更新了 我改变了不同的cut off截断值都出现了这个问题

md.log在更新前最后的内容

   Energies (kJ/mol)
           Bond          Angle    Proper Dih.  Improper Dih.          LJ-14
    1.76033e+03    5.52819e+03    7.32252e+03    2.85721e+02    2.35875e+03
     Coulomb-14        LJ (SR)  Disper. corr.   Coulomb (SR)      Potential
    3.68309e+04    2.77673e+05   -4.90471e+03   -2.16483e+06   -1.83798e+06

Atom distribution over 48 domains: av 2866 stddev 84 min 2721 max 3104
           Step           Time
        2243000     4486.00000

   Energies (kJ/mol)
           Bond          Angle    Proper Dih.  Improper Dih.          LJ-14
    1.85992e+03    5.42091e+03    7.19362e+03    2.72773e+02    2.31638e+03
     Coulomb-14        LJ (SR)  Disper. corr.   Coulomb (SR)      Potential
    3.69850e+04    2.75634e+05   -4.91570e+03   -2.15906e+06   -1.83430e+06

Atom distribution over 48 domains: av 2866 stddev 83 min 2710 max 3068
           Step           Time
        2244000     4488.00000

Not all bonded interactions have been properly assigned to the domain decomposition cells
A list of missing interactions:
                Bond of   1300 missing      1
               Angle of   4552 missing      4
         Proper Dih. of   7864 missing     15
               LJ-14 of   6480 missing      6

出现这个报错之后 后台gmx依然在运行 只不过是单核在跑

请教一下各位 这可能是什么情况 谢谢

sobereva

看起来和域分解有关系。不让程序用thread-mpi并行试试，即使用-nt 20 -ntomp 20

土拔鼠

sobereva 发表于 2020-3-12 11:51
看起来和域分解有关系。不让程序用thread-mpi并行试试，即使用-nt 20 -ntomp 20

谢谢社长

coldorange

土拔鼠 发表于 2020-3-12 22:49
谢谢社长

你好 请问你的问题解决了吗？

sobereva

coldorange 发表于 2022-5-16 15:48
你好 请问你的问题解决了吗？

http://bbs.keinsci.com/thread-30011-1-1.html