已解决：PBC盒子如何提取二维截面？

wyfgg · 发表于 Post on 2022-5-31 16:20:32

本帖最后由 wyfgg 于 2022-5-31 21:48 编辑

各位老师好，我做了一个混合体系，请问如何提取盒子某一维度的截面呢？

ene · 发表于 Post on 2022-5-31 18:00:23

本帖最后由 ene 于 2022-5-31 18:02 编辑

比如你想要 z = 0 时的 xy 平面图吧，你可以让VMD只显示这个平面周围某个范围内的原子来近似地实现这个效果。比如你可以试试这样选中原子：

复制代码

但是我不保证这样一定能达到你的目标要求，最好上传个你目标的图片。

wyfgg · 发表于 Post on 2022-5-31 21:48:41

ene 发表于 2022-5-31 18:00
比如你想要 z = 0 时的 xy 平面图吧，你可以让VMD只显示这个平面周围某个范围内的原子来近似地实现这个效果 ...

谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-1 04:49:34

一种做法是用选择语句，在选择的原子层面进行截断，即2L说的；另一种做法是VMD里设置clipping plane，在图像显示层面进行截断。前者的等值面、原子球是封闭的，后者会造成等值面或原子球有切面

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