AutoDock-GPU柔性对接后使用autodock4重打分失败

sayhello

各位大佬好！       我在使用AutoDock_GPU进行虚拟筛选后，因为我想知道每一个配体与受体形成的氢键势能数值，这个数值AutoDock_GPU不能直接提供
       所以我计划从AutoDock_GPU的输出文件dlg中得到各个对接构象，然后按照Molecular docking, estimating free energies of binding, and AutoDock's semi-empirical force field (sebastianraschka.com)这个教程，使用AD4对对接构象进行重打分，但是我在测试中，发现重打分结果出错，预测的结合自由能很离谱，如下：

Num Type    Energy      Energy    tic Energy     Energy    Charge      x         y         z
____ ____  __________  __________  __________  __________ _______  ________  ________  ________
   1  C       4.3060      4.3025     -0.1767      0.1803   0.1660   11.5570   13.7860    3.8780
   2  NA     -0.7775     -1.1921      0.1214      0.2933  -0.2520   10.7440   12.8180    3.6250
   3  C      -0.0132     -0.1020     -0.0671      0.1559   0.1290    9.8940   12.2230    4.6400
   4  C       3.1830      3.1654     -0.0396      0.0573   0.0500    9.5740   13.2660    5.6710
   5  C   17382.6611  17382.8679     -0.3132      0.1064   0.1010   10.8800   13.7290    6.2870
   6  N    1426.2104   1424.8168      1.0375      0.3561  -0.3570   11.6460   14.3100    5.1990
   7  HD     -0.8172     -0.4701     -0.4858      0.1386   0.1620   12.2580   15.1190    5.4140
          __________  __________  __________  _______ ________
    Total 18814.7527  18813.3883      0.0765     1.2878  -0.0010
          __________  __________  __________  __________ _______
          vdW+Hbond+   vdW+Hbond  Electrosta  Desolvation Partial
          +Elec+Desolv   Energy    tic Energy    Energy    Charge
              Energy


     我猜是配体-受体原子位置太近造成的，但这确实是同一对接构象提取出的坐标，请问大家有什么办法可以解决？

谢谢

sayhello

自己解决了，出错原因在于我在构建maps文件时，使用的是ADFR套件中的autogrid，实际上它不稳定，没有成功生成所需要的maps文件，这导致刚性对接部分没有成功进行，所以有原子位置冲突，使用autodock4套件中的autogrid4则没有这个问题，成功运行