关于跨膜转运蛋白的跨膜蛋白模型，需要考虑膜内和膜外的区别吗？

CHJ2841666311 · 发表于 Post on 2024-4-5 13:23:30

我用charmm-gui搭建蛋白配体复合物+膜的模型。由于我的蛋白是跨膜转运蛋白，需要考虑到膜内和膜外的问题，但是我认为我搭建的模型中，两个方向都是一样的，不需要考虑到膜内和膜外的区别。请问各位老师，这样理解是否有误，或者说转运蛋白在模拟过程中需要考虑膜内和膜外的区别吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-5 17:18:54

如果对膜附近的微环境来说，两边的特征是一样的（如盐浓度、膜里嵌入的额外分子），那就不用区分

CHJ2841666311 · 发表于 Post on 2024-4-5 17:27:15

sobereva 发表于 2024-4-5 17:18
如果对膜附近的微环境来说，两边的特征是一样的（如盐浓度、膜里嵌入的额外分子），那就不用区分

谢谢sob老师，膜是简单的dppc，上下是对称的，没有额外的分子，至于离子，只是中和电荷的时候，加了氯化钠，我像氯化钠在溶剂模型里是随机分布的。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-4-5 18:16:22

如果膜内外有差别可以用两层膜外加特定离子的位置依赖势来做膜内外离子迁移
可以参考gmx的官方文档
https://manual.gromacs.org/docum ... mp-electrophys.html

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[综合交流] 关于跨膜转运蛋白的跨膜蛋白模型，需要考虑膜内和膜外的区别吗？