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[GROMACS] 模拟气体溶解到水中,盒子在Z方向不断变长

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我模拟的体系是 甲烷-水-甲烷 ;维持两侧的甲烷向中间的水溶解这个体系结构。

使用的系综是NPT ;nose-hoover温浴和parrinello-Rahman压浴;Pcoupltype用的semiisotropic.


模拟开始后盒子会不断在Z方向变长,xy方向缩小,直到崩溃。

请教一下大家,这样的模拟是否可行以及要如何调调整?

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发表于 Post on 2022-6-4 12:03:23 | 只看该作者 Only view this author
Z方向可压缩系数设0。

体系达到平衡前不要用PR压浴和NH热浴,基本常识
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-4 13:18:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-4 12:03
Z方向可压缩系数设0。

体系达到平衡前不要用PR压浴和NH热浴,基本常识

好的,谢谢您

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