已解决：Gromacs延长模拟的轨迹内容问题？

wyfgg

更新：原因在于续跑的mdrun命令中未正确引用前一次的cpt文件，因此GMX视为全新的模拟，因此从头开始

该选项的智能之处在于, 如果没有找到检查点文件, GROMACS就假定这是一个常规运行, 并从.tpr文件的第一步开始.

各位老师好，我想请教一下：Gromacs延长模拟的轨迹文件中是否包含所有的轨迹内容？比如首次模拟1ns，后续延长20ns的轨迹文件中同样包含之前1ns的轨迹？

本周，我首先进行了0.5ns的模拟（1）

1. gmx mdrun -v -deffnm md1 -nb gpu
   

复制代码

之后又进行了20ns的模拟（2）

1. gmx convert-tpr -s md1.tpr -extend 20000 -o md2.tpr
   
2. gmx mdrun -v -deffnm md2 -cpi md2.cpt -noappend -nb gpu
   

复制代码

又延长了20ns的模拟（3）

1. gmx convert-tpr -s md2.tpr -extend 20000 -o md3.tpr
   
2. gmx mdrun -v -deffnm md3 -cpi md3.cpt -noappend -nb gpu
   

复制代码

但是在（3）时，中途断电死机。因此我重启了（3）

1. gmx mdrun -s md3.tpr -cpi md3.cpt -deffnm md3 -v -nb gpu -noappend
   

复制代码

然后我突然发现，（1）0.5ns中的模拟有100帧（轨迹38.5MB），（2）第一次延长20ns中的模拟有4100帧（轨迹1.42GB），（3）第二次延长20ns模拟到一半就有四千多帧（轨迹1.66GB）。

sobereva

直接基于没跑完的任务的cpt把任务跑完，新跑出来的轨迹对应之前没跑完的部分
如果之前任务跑完了，用convert-tpr多extend出来多少，基于cpt续跑就会再得到多少时长的轨迹
不管哪种情况，续跑产生的轨迹都是新跑出来的之前没有的部分，至于是否直接在之前的轨迹文件上续写是另一码事。

wyfgg

sobereva 发表于 2022-6-4 11:59
直接基于没跑完的任务的cpt把任务跑完，新跑出来的轨迹对应之前没跑完的部分
如果之前任务跑完了，用conve ...

老师您好，我使用命令延长已完成的MD

1. gmx convert-tpr -s md2.tpr -extend 20000 -o md3.tpr

复制代码

cmd输出

Reading toplogy and stuff from md2.tpr
Reading file md2.tpr, VERSION 2020.6-MODIFIED (single precision)
Extending remaining runtime of by 20000 ps (now 40500000 steps)
Writing statusfile with starting step          0 and length   40500000 steps...
                                 time      0.000 and length  40500.000 ps

这个意思是代表在md3中，Gromacs会从0开始跑到40.5ns吗？
我md的代码是

1. gmx mdrun -v -deffnm md3 -cpi md3.cpt -noappend -ntomp 12 -update gpu

复制代码

Entropy.S.I

wyfgg 发表于 2022-6-4 15:11
老师您好，我使用命令延长已完成的MDcmd输出
这个意思是代表在md3中，Gromacs会从0开始跑到40.5ns吗？
...

我的习惯是尽量不用-noappend，避免轨迹文件七零八落使归档变得麻烦

wyfgg

Entropy.S.I 发表于 2022-6-4 15:43
我的习惯是尽量不用-noappend，避免轨迹文件七零八落使归档变得麻烦

谢谢老师！