vmd中去周期性如何实现

planet5460 · 发表于 Post on 2015-11-11 14:46:13

请教一个问题，就是蛋白在水盒子里面跑MD，跑完后VMD观察蛋白有一半跑出了水盒子，跑到镜像里面了，VMD怎么样可以把周期性去掉，在vmd中让蛋白处于水盒子的中央。

kunkun · 发表于 Post on 2015-11-11 15:12:15

用gmx自带的trjconv把轨迹周期性去掉，在读入VMD就好了。

fhh2626 · 发表于 Post on 2015-11-11 16:07:34

可以用vmd的wrap命令，具体用法查找手册

planet5460 · 发表于 Post on 2015-11-11 17:25:03

kunkun 发表于 2015-11-11 15:12
用gmx自带的trjconv把轨迹周期性去掉，在读入VMD就好了。

如果是用amber做的有没有办法处理

ruanyang · 发表于 Post on 2015-11-11 17:41:58

试试 pbc wrap

sobereva · 发表于 Post on 2015-11-11 17:46:34

跑出去就跑出去，没有关系。轨迹用不用周期性描述，和蛋白是否一直处在水盒子中央是两回事。
如果是为了观看蛋白方便，不想让他乱跑，你用VMD自带的extension-analysis-Trajectory tool把蛋白做一下align就行了，就一直保持位置不动了

planet5460 · 发表于 Post on 2015-11-11 18:14:21

sobereva 发表于 2015-11-11 17:46
跑出去就跑出去，没有关系。轨迹用不用周期性描述，和蛋白是否一直处在水盒子中央是两回事。
如果是为了观 ...

我想获取pdb文件，蛋白能处于水的中央

sobereva · 发表于 Post on 2015-11-11 18:26:42

planet5460 发表于 2015-11-11 18:14
我想获取pdb文件，蛋白能处于水的中央

那你现在弄已经晚了。
当初跑MD的时候就应该消除蛋白平动。或者你重新加水盒子。
还有个办法就是你平移复制几个镜像，然后重新切割一下，恰好让蛋白在水盒子中央。

planet5460 · 发表于 Post on 2015-11-11 18:32:31

本帖最后由 planet5460 于 2015-11-16 02:21 编辑

sobereva 发表于 2015-11-11 18:26
那你现在弄已经晚了。
当初跑MD的时候就应该消除蛋白平动。或者你重新加水盒子。
还有个办法就是你平 ...

我用amber做的MD，我只跑了2ns，可以重新跑，我在跑MD的时候已经做了平衡体系升压，但是升压后蛋白就已经跑出盒子了，重新加水盒子，我已经尝试把盒子弄大，好像还是跑出来，用的是八面体的盒子

planet5460 · 发表于 Post on 2015-11-11 20:32:03

尝试了下六面体盒子，可以了，谢谢

ZhuQaing · 发表于 Post on 2016-4-10 13:28:15

sobereva 发表于 2015-11-11 18:26
那你现在弄已经晚了。
当初跑MD的时候就应该消除蛋白平动。或者你重新加水盒子。
还有个办法就是你平 ...

请问怎么切割啊？

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