gromacs中的能量最小化以及mdp文件中参数的设置问题

叶zoom1 · 发表于 Post on 2021-8-10 22:34:30

小弟最近开始学习gromacs，有几个问题一直搞不清楚，想请教一下各位前辈。
问题如下：同源建模后的获得的蛋白模型进行能量最小化，步骤是否可以参照gromacs tutorial中溶菌酶在水中的模拟进行;模拟时用的mdp文件中参数设置的依据是力场还是其他。

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-11 02:39:37

可以。

看具体指mdp里哪些参数。涉及到非键相互作用计算的，原理上和力场原文用的设置一致最好，但也不是非得要求那么严格。

叶zoom1 · 发表于 Post on 2021-8-11 20:00:26

sobereva 发表于 2021-8-11 02:39
可以。

看具体指mdp里哪些参数。涉及到非键相互作用计算的，原理上和力场原文用的设置一致最好，但也不 ...

好的，谢谢sob老师

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-8-12 23:45:54

sobereva 发表于 2021-8-11 02:39
可以。

看具体指mdp里哪些参数。涉及到非键相互作用计算的，原理上和力场原文用的设置一致最好，但也不 ...

想问一下老师，gmx中em的时候如果想先用steep再用cg来作能量最小化，只需要在integrator那里相应更改就行吗？emtol这里的值需要改吗？谢谢老师：）

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-12 23:51:09

5撇到3撇发表于 2021-8-12 23:45
想问一下老师，gmx中em的时候如果想先用steep再用cg来作能量最小化，只需要在integrator那里相应更改就行 ...

是
不用

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-8-13 10:09:17

sobereva 发表于 2021-8-12 23:51
是
不用

谢谢老师

ShineZhu · 发表于 Post on 2022-6-5 09:20:53

您好
想请问下原始参考文献有关于mdp文件各种参数设置的指导吗？为什么我看了amber99sb-int 原始文献之后好像没有找到相应参数设置指导呀、是我看文献看的不对吗。谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-17 19:36:57

ShineZhu 发表于 2022-6-5 09:20
您好
想请问下原始参考文献有关于mdp文件各种参数设置的指导吗？为什么我看了amber99sb-int 原始文献之后 ...

根据力场原文里关于cutoff、非键作用形式等信息的说明，结合mdp里的参数，确定怎么去写
另外也不是每篇amber力场原文都会完整说明，诸如某个改进版和之前的版本用的非键作用计算方式可能完全一样，因此文中就可能不再明确说一遍了。认真读文章

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