gromacs中npt模拟以及插入模拟退火设定的问题

Reisende

请问大家，我先是在npt中插入模拟退火的的设定：
title       = NPT
; Run parameters
integrator  = md
nsteps      = 20000
dt          = 0.001
; Output control
nstxout     = 500
nstvout     = 500
nstenergy   = 500
nstlog      = 500
; Bond parameters
continuation            = yes
constraint_algorithm    = lincs
lincs_iter              = 1
lincs_order             = 4
; Neighborsearching
cutoff-scheme   = Verlet
nstlist         = 10
rcoulomb        = 1.0
rvdw            = 1.0
; Electrostatics
pme_order       = 4
fourierspacing  = 0.16
; Temperature coupling is on
tcoupl             = v-rescale
tc-grps            = system
tau_t              = 0.2
ref_t              = 320

annealing          = single   
annealing-npoints  = 6
annealing-time     = 0 40 80 120 160 200
annealing-temp     = 320 310 300 290 280 280

; Pressure coupling is on
pcoupl              = Parrinello-Rahman
pcoupltype          = isotropic
tau_p               = 2.0
ref_p               = 2.0
compressibility     = 4.5e-5
refcoord_scaling    = com
; Periodic boundary conditions
pbc                  = xyz
; Dispersion correction
DispCorr             = EnerPres
; Velocity generation
gen_vel              = no



但是会出现如下图所示的问题：


请问这是正常的吗。另外能否再请教一下，为什么两次模拟出来的压力会不一样，而且不是我所设定的ref_p= 2.0呢

sobereva

诸如annealing_npoints是annealing-npoints

Reisende

sobereva 发表于 2022-6-30 00:36
诸如annealing_npoints是annealing-npoints

谢谢社长。
我在自己查错的时候已经试过了，不管中间的是_还是-都会出现这个。
还有想请问社长，我使用相同的npt.mpd模拟两次，模拟出来的压力为什么会不一样呢。而且我多次尝试，好像还会随着我的nstsps的增加，最后得到的average也会增加

Frozen-Penguin

gromacs给出的警告信息中引号里面有空格，一般是不会这样的，可能是里面有无法显示字符，删掉重新输入可能可以解决（注意输入法）

Reisende

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-1 13:48
gromacs给出的警告信息中引号里面有空格，一般是不会这样的，可能是里面有无法显示字符，删掉重新输入可能 ...

谢谢，我昨天把空格全都删掉了，然后重新输入一次，问题就莫名其妙的解决了