求助：怎么计算锂离子在电解液中的扩散系数

xjw · 发表于 Post on 2022-4-19 22:00:04

各位老师好，我最近在用Gromacs计算某个锂离子电池电解液的溶剂化结构并计算锂离子在电解液中的扩散系数，模拟结束后使用gmx msd -f md.trr -s md.tpr这个命令计算msd得到的扩散系数如图一所示：有几个问题想请教老师。
1）如果我想计算锂离子的扩散系数，在那个group是直接选在LI对应的数字嘛？
2）那个计算的扩散系数那么小，这个正常吗？
3）最后得到的msd的曲线如图2所示，这种的正常吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-19 22:22:47

1 是
2、3 看轨迹动画，看看Li的运动行为是否合乎期望

当前拟合取的区间明显不合适，不确定度都比D值要大。应当用-beginfit和-endfit选取MSD曲线中平直的部分拟合。

xjw · 发表于 Post on 2022-4-20 07:57:12

sobereva 发表于 2022-4-19 22:22
1 是
2、3 看轨迹动画，看看Li的运动行为是否合乎期望

好的。谢谢老师

MD初级选手 · 发表于 Post on 2022-6-18 22:59:01

您好，我想问一下，我再运行msd的时候出现这样问题：Last frame 1 time 381.000

Used 2 restart points spaced 1e-05 ps over 381 ps

Fitting from 0 to 10000 ps

Not enough points for fitting (2).
Can not determine the diffusion constant.
能否指导一下

bobosiji · 发表于 Post on 2022-6-19 14:05:43

sobereva 发表于 2022-4-19 22:22
1 是
2、3 看轨迹动画，看看Li的运动行为是否合乎期望

那个msd-plot后面二十多ns走平了，似乎电解液冻住了？

Kangtor · 发表于 Post on 2022-6-19 14:17:35

感觉MSD~t曲线并未达到扩散区，所以得到的结果不对

Kangtor · 发表于 Post on 2022-6-19 14:18:27

bobosiji 发表于 2022-6-19 14:05
那个msd-plot后面二十多ns走平了，似乎电解液冻住了？

它那个不是电解液冻住了，而是统计数据太少导致的

xjw · 发表于 Post on 2022-6-20 08:27:18

Kangtor 发表于 2022-6-19 14:17
感觉MSD~t曲线并未达到扩散区，所以得到的结果不对

请问这个是什么意思呢

bobosiji · 发表于 Post on 2022-6-20 10:03:22

Kangtor 发表于 2022-6-19 14:18
它那个不是电解液冻住了，而是统计数据太少导致的

一共40个li+；跑了50ns，msd-t plot中30-40ns那段的统计数据不算少吧？

Kangtor · 发表于 Post on 2022-6-21 15:27:45

bobosiji 发表于 2022-6-20 10:03
一共40个li+；跑了50ns，msd-t plot中30-40ns那段的统计数据不算少吧？

数据图的结果表明还是太少了，应该还要延长的

Kangtor · 发表于 Post on 2022-6-21 15:29:18

xjw 发表于 2022-6-20 08:27
请问这个是什么意思呢

离子的运动可以分为sub-diffusion和diffusion两个区域。只有达到了diffusion的区域才能计算扩散值。diffusion区域的MSD与t成正比的

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