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[GROMACS] 能量平衡时,itp文件中氧原子识别出错

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各位大佬好,我在对模型平衡时,一直报错。命令行为gmx grompp -f tip4p_1_en.mdp -c tip4p_1_add.pdb -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 2。
报错为:

但是自己检查了.itp文件、.pdb文件,如下图所示。不清楚为何会报找不到OW的错误,请各位大佬指教!
   
另附拓扑文件的截图,是否会与拓扑文件有关。

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发表于 Post on 2023-12-1 06:08:44 | 只看该作者 Only view this author
看清楚板块再发贴,gromacs问题发到量子化学版做什么?这次给你移动了,下次乱找地方发帖直接删帖+扣分处理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2023-12-1 06:10:49 | 只看该作者 Only view this author
OPLS-AA目录下的ffnonbonded.itp里的[atomtypes]根本没有OW原子类型的定义
自己补充TIP4P-ice需要用到的原子类型定义
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-4 15:17:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-1 06:08
看清楚板块再发贴,gromacs问题发到量子化学版做什么?这次给你移动了,下次乱找地方发帖直接删帖+扣分处理

好的sob老师,抱歉。

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