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[CP2K] 用cp2k优化晶体结构出现结构扭曲坍塌变形

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本帖最后由 XYHhhh 于 2022-6-26 10:51 编辑

老师好,我从Materials Project晶体库下载的.cif文件转成.pdb文件,用Multivfn生成cp2k输入文件进行晶胞优化出错,截出最后一步结构发现结构出现明显坍塌,请问是需要设置边界条件之类的吗?如何设置边界条件,还是需要固定某些原子位点,具体如何实现

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原始.png

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优化后.png

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6151.pdb

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发表于 Post on 2022-6-26 11:15:00 | 只看该作者 Only view this author
为啥要转成pdb文件,多此一举,并且晶格参数全丢了,优化出来不出问题才见鬼了
直接把cif丢进去生成inp再优化再看看

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-26 14:55:49 | 只看该作者 Only view this author
Eudaimonia 发表于 2022-6-26 11:15
为啥要转成pdb文件,多此一举,并且晶格参数全丢了,优化出来不出问题才见鬼了
直接把cif丢进去生成inp再 ...

转成.pdb就没有周期性,是想构建团簇

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发表于 Post on 2022-6-26 18:15:11 | 只看该作者 Only view this author
XYHhhh 发表于 2022-6-26 14:55
转成.pdb就没有周期性,是想构建团簇

说清楚到底是想优化团簇还是优化晶体

你若以晶体为初始结构不考虑周期性当成孤立团簇来优化,坍塌是极为正常的
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发表于 Post on 2022-6-26 21:49:48 | 只看该作者 Only view this author
XYHhhh 发表于 2022-6-26 14:55
转成.pdb就没有周期性,是想构建团簇

你先把团簇和晶体的概念整明白了再说

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-27 10:09:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-26 18:15
说清楚到底是想优化团簇还是优化晶体

你若以晶体为初始结构不考虑周期性当成孤立团簇来优化,坍塌是极 ...

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-27 10:10:26 | 只看该作者 Only view this author
Eudaimonia 发表于 2022-6-26 21:49
你先把团簇和晶体的概念整明白了再说

谢谢老师

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