求助gromcacs氢键寿命值太高

zhaoqian

我计算的两个体系是乙二醇与水的溶液以及1，2-丙二醇与水的溶液，两个体系的计算参数都是一样的，可是算出来乙二醇的氢键寿命就比较正常13ps，其他文献也差不多是这个数， 而1，2-丙二醇算出来的氢键寿命则为29ps，我就觉得很奇怪，我是先能量最小化到F<100，然后npt20ns（10ps输出一步），nvt20ns（10ps输出一步）（我看文献是先npt再nvt），接着md跑30ns（4ps输出一步），再用hbond -life 分析寿命的，按道理这两个体系的氢键寿命应该是差不多的吧，仔细对比了模拟参数，二者的模拟参数是一样的，可否拜托老师帮忙解答一下，万分感谢~

md 参数：
integrator              = md

dt                      = 0.002
nsteps                  = 15000000
nstxout-compressed      = 2000
;nstxtcout               = 2000
nstcalcenergy           = 200
nstenergy               = 2000
nstlog                  = 2000

cutoff-scheme           = Verlet
nstlist                 = 20
rlist                   = 1.0
vdwtype                 = Cut-off
rvdw                    = 1.0
coulombtype             = pme
rcoulomb                = 1.0

tcoupl                  = v-rescale  ;Nose-Hoover
tc_grps                 = System
tau_t                   = 1.0
ref_t                   = 298.15

constraints             = h-bonds
constraint_algorithm    = LINCS

gen-vel                 = no
gen-temp                = 298.15
gen-seed                = -1

nstcomm                 = 100
comm_mode               = linear
comm_grps               = System

pbc                     = xyz




npt参数：
integrator               = md        
dt                       = 0.002     ;
nsteps                   = 10000000  ;

;;Output parameters
nstxout                      = 50000                ;
nstvout                      = 50000                ;
nstenergy                = 5000             ;
nstlog                   = 5000            ;
;nstxout-compressed       = 5000            

continuation             = yes
constraint-algorithm     = lincs
constraints              = h-bonds

cutoff-scheme            = Verlet
ns_type                      = grid                ;
nstlist                      = 10            ;

coulombtype              = PME
rcoulomb                 = 1.0

vdwtype                  = Cut-off
rvdw                     = 1.0
DispCorr                 = EnerPres

tcoupl                   = V-rescale
tc-grps                  = system
tau-t                    = 0.1         
ref-t                    = 298.15      
nhchainlength            = 1

pcoupl                   = Parrinello-Rahman
tau_p                    = 1.0
compressibility          = 4.46e-5
ref_p                    = 1.0

; Periodic boundary conditions
pbc                = xyz                ;

; Velocity generation
gen_vel                = no                ;


nvt参数：
integrator               = md        
dt                       = 0.002     ; 2.0 fs
nsteps                   = 10000000  ;

;;Output parameters; save coordinates every 2.0 ps
nstvout                      = 100000               
nstxout                      = 100000               
nstenergy                = 10000         
nstlog                   = 10000         
;nstxout-compressed       = 10000            

continuation             = yes
constraint-algorithm     = lincs
constraints              = h-bonds

cutoff-scheme            = Verlet
ns_type                      = grid               
nstlist                      = 10           

coulombtype              = PME
rcoulomb                 = 1.0
pme_order               = 4               
fourierspacing        = 0.16        

vdwtype                  = Cut-off
rvdw                     = 1.0
DispCorr                 = EnerPres

tcoupl                   = V-rescale
tc-grps                  = system
tau-t                    = 0.1         
ref-t                    = 298.15      
nhchainlength            = 1

pcoupl                   = no

; Periodic boundary conditions
pbc                = xyz        

; Velocity generation
gen_vel                = no               

sobereva

做一次NPT就够了，分三个任务完全多余

mdp没明显问题

乙二醇和1，2-丙二醇本来氢键寿命就可能明显不同，和与水的相互作用方式有关，可以做更细节的分析，诸如分析aNCI、sdf图，或者提取一些簇用量子化学研究等

zhaoqian

sobereva 发表于 2022-6-27 21:38
做一次NPT就够了，分三个任务完全多余

mdp没明显问题

谢谢sob老师~