计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 4827|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 在进行三组分混合模拟npt是出错了,下面是问题描述

[复制链接 Copy URL]

61

帖子

0

威望

1031

eV
积分
1092

Level 4 (黑子)

我在进行三组分混合时出现的了下面的错误:


Fatal error:
One or more atoms moved too far between two domain decomposition steps.
This usually means that your system is not well equilibrated

  (所有的top文件已经附上)




我查了相关资料,说是我了top文件有问题,但是我检查了一下,没有问题。我在进行单组分模拟的时候是正常的,三个组分混合到一块进行npt的时候就不行了,调了一下间距,还是不行,有哪位大佬可以帮一下忙,万分感谢

Ac.itp

3.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

Ac.top

330 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3

DMIM.itp

29.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

DMIM.top

336 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3

DMIM-Ac ethanol_box.top

252 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3

ethanol.itp

4.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

ethanol.top

345 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-6-27 21:28:40 | 只看该作者 Only view this author
拓扑文件我没时间仔细看,基本上这类问题怎么排查下文该说的都说了
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

61

帖子

0

威望

1031

eV
积分
1092

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-28 14:29:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-27 21:28
拓扑文件我没时间仔细看,基本上这类问题怎么排查下文该说的都说了
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

好的 谢谢

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 07:39 , Processed in 0.162343 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list