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[GROMACS] 求助:请教gromacs如何进行非平衡分子动力学模拟

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求助:请教gromacs如何进行非平衡分子动力学模拟?

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发表于 Post on 2022-7-1 20:15:10 | 只看该作者 Only view this author
问题太大,没法回答
说清楚到底想模拟什么体系的什么问题
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-1 22:00:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-1 20:15
问题太大,没法回答
说清楚到底想模拟什么体系的什么问题
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得 ...

你好,老师。我想分析外电场对沥青质在稠油体系中聚集行为的影响,看到有文章用的是LAMMPS操作,而有的文章用gromacs,但是不详细。所以想问一下用gromacs怎么模拟。

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发表于 Post on 2022-7-2 06:15:05 | 只看该作者 Only view this author
rain 发表于 2022-7-1 22:00
你好,老师。我想分析外电场对沥青质在稠油体系中聚集行为的影响,看到有文章用的是LAMMPS操作,而有的文 ...

mdp里设置和不设置电场,分别模拟就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-2 08:32:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-2 06:15
mdp里设置和不设置电场,分别模拟就完了

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-2 08:40:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-2 06:15
mdp里设置和不设置电场,分别模拟就完了

老师,如果想看电场对体系温度的变化呢?是不是得用到NEMD了?怎么弄呢?

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发表于 Post on 2022-7-3 03:45:30 | 只看该作者 Only view this author
rain 发表于 2022-7-2 08:40
老师,如果想看电场对体系温度的变化呢?是不是得用到NEMD了?怎么弄呢?

如果电场是外加的,跟温度毫无关系
如果电场是指体系里原子产生的,不同温度下跑模拟并分别计算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-3 08:27:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-3 03:45
如果电场是外加的,跟温度毫无关系
如果电场是指体系里原子产生的,不同温度下跑模拟并分别计算

好的,谢谢老师

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