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[综合交流] 求助REMD使用范围

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请问REMD和正常的MD效果上有什么区别,使用价值有多高,代价多大?
谢谢

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发表于 Post on 2014-11-3 22:00:45 | 只看该作者 Only view this author
REMD是很流行的加速采样方法,可更快地遍历自由能面各个区域,研究小肽折叠问题很有用。方法上主要特点是引入了多个副本同时模拟,具有不同温度且不断交换,使得体系经历高温时可以容易地翻越势垒,而转变到低温时又可以在势阱里充分采样。

附上两篇很好的文献,看看就理解了
REMD极好介绍-extracted from methods in Enzymology vol-383.pdf (487.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 270) REMD PMF,PCA构象图 转动半径 簇分析等-Effects of Zinc Binding on the Conformation.pdf (361.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 216)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-11-4 20:58:41 | 只看该作者 Only view this author
谢谢Sob辛苦回复!

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发表于 Post on 2022-5-11 10:16:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-11-3 22:00
REMD是很流行的加速采样方法,可更快地遍历自由能面各个区域,研究小肽折叠问题很有用。方法上主要特点是引 ...

请问sob老师,如果研究一个多聚体蛋白在结合某小分子前后的构象变化(主要想看某些大块的domain之间的相对位置以及在溶剂中暴露的情况),是否建议使用REMD?谢谢!

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发表于 Post on 2022-5-11 20:13:42 | 只看该作者 Only view this author
Esperanza 发表于 2022-5-11 10:16
请问sob老师,如果研究一个多聚体蛋白在结合某小分子前后的构象变化(主要想看某些大块的domain之间的相 ...

不适合
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-6-30 21:54:04 | 只看该作者 Only view this author

老师请问,REMD是否适合研究几十个氨基酸聚集过程,主要是二聚。我们是做肽修饰,实验中发现用糖修饰肽可以降低短肽二聚的发生。想通过MD来解释原理。 谢谢老师

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分子模拟晶戈

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发表于 Post on 2022-7-1 12:51:13 | 只看该作者 Only view this author
chenbq18 发表于 2022-6-30 21:54
老师请问,REMD是否适合研究几十个氨基酸聚集过程,主要是二聚。我们是做肽修饰,实验中发现用糖修饰肽可 ...

不如在GPU节点上做长时间的normal MD。

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发表于 Post on 2022-7-2 06:17:28 | 只看该作者 Only view this author
chenbq18 发表于 2022-6-30 21:54
老师请问,REMD是否适合研究几十个氨基酸聚集过程,主要是二聚。我们是做肽修饰,实验中发现用糖修饰肽可 ...

但凡普通MD就能不费劲地很好模拟的问题,就没必要用REMD。从你的信息上我还没看出用REMD的意义
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发表于 Post on 2022-7-2 08:21:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-2 06:17
但凡普通MD就能不费劲地很好模拟的问题,就没必要用REMD。从你的信息上我还没看出用REMD的意义

想的是,聚集过程时间尺度太长,同时短肽构象采样完全是个难题,担心普通MD难以模拟出结果

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发表于 Post on 2022-7-2 08:22:38 | 只看该作者 Only view this author
对抗路达摩 发表于 2022-7-1 12:51
不如在GPU节点上做长时间的normal MD。

有过这方面想法,但不确定模拟多少时长合适。有什么评价指标吗,这个短肽构象一直在变化,很难采样完全。

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发表于 Post on 2022-7-2 11:04:57 | 只看该作者 Only view this author
chenbq18 发表于 2022-6-30 21:54
老师请问,REMD是否适合研究几十个氨基酸聚集过程,主要是二聚。我们是做肽修饰,实验中发现用糖修饰肽可 ...

如果能找到合适的collective variable,肯定建议采用基于collective variable的增强采样方法。但聚集过程的模拟是个“老大难”啊。。。。。。优先考虑能不能通过原位的一些光谱上的手段,得出些实验结果吧。

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发表于 Post on 2022-7-3 03:44:35 | 只看该作者 Only view this author
chenbq18 发表于 2022-7-2 08:21
想的是,聚集过程时间尺度太长,同时短肽构象采样完全是个难题,担心普通MD难以模拟出结果

先跑起来看看情况再说
全原子跑不动还有粗粒化可用
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