LAMMPS模拟PVDF(聚偏氟乙烯)的吸附时的参数问题

Lir · 发表于 Post on 2021-12-9 14:51:38

最近在做一个新构建的分子与PVDF(聚偏氟乙烯)的吸附，用LAMMPS模拟，力场是OPLS-AA，在寻找参数的时候出现一些问题，（1）PVDF的二面角参数，文献里给的公式是有六个参数，和lammps官网中二面角的类型不一样，不知如何去写。（2）对于新合成的这个单晶分子各个原子的参数如何确定不太清楚，首先是电荷我用的是multiwfn计算的CM5电荷，但是影响系数文献里给的是*1.27，软件中给的是*1.2，不知道该用哪个。其次，因为它是新合成的有些原子确定不了具体类型，参数是找不到的，我想请教一下大家该如何确定这些连接处的分子类型以及新合成分子的参数，对于这个单晶分子参数找到了一些，但是二面角参数太难找，参考用的是ligpargen 生成的二面角参数，但是跑NPT会报错。（3）下面的PVDF长链组成的膜用setforce命令固定可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-9 15:01:36

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的严重不恰当标题“分子模拟LAMMPS”改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

Lir · 发表于 Post on 2021-12-9 15:04:03

sobereva 发表于 2021-12-9 15:01
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

谢谢Sob老师，请问一下利用multiwfn计算出的CM5电荷可否乘以1.27的系数

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-9 15:06:33

我不用Lammps，没法全面回答。我不知道1.27怎么来的，如果文献里证明乘上这个系数比较适合算这个体系，你就乘这个。1.2是比较普适的系数，如果文献里没证据1.27能更好，就用1.2。

你这个分子就是普通有机体系，理应ligpargen不至于搞不了，也不至于分配离谱的力场系数。NPT是否报错也和二面角未必有什么直接关系，你可以先在真空里只跑单分子看看动力学行为是否正常。

Lir · 发表于 Post on 2021-12-9 15:18:47

sobereva 发表于 2021-12-9 15:06
我不用Lammps，没法全面回答。我不知道1.27怎么来的，如果文献里证明乘上这个系数比较适合算这个体系，你就 ...

谢谢Sob老师的耐心指导，他报的是上面单晶分子的几个原子键原子丢失的错误，我用VMD看了一下，这个几个原子扭曲的厉害就认为是二面角的错误，虽然这个报错未必是二面角，关于那个电荷的问题我是看了下面一篇文献https://doi.org/10.1016/j.cplett.2020.137707

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-10 04:28:21

Lir 发表于 2021-12-9 15:18
谢谢Sob老师的耐心指导，他报的是上面单晶分子的几个原子键原子丢失的错误，我用VMD看了一下，这个几个原 ...

他那个文章只是测试了一个体系，并没有什么普适性，而且那个体系和PVDF特征相差很大，不代表用于PVDF时1.27就比1.2更好

Lir · 发表于 Post on 2021-12-10 10:40:04

sobereva 发表于 2021-12-10 04:28
他那个文章只是测试了一个体系，并没有什么普适性，而且那个体系和PVDF特征相差很大，不代表用于PVDF时1. ...

不好意思Sob老师，是我没有表述清楚，我用CM5电荷是来计算上面的那个有机分子的，这篇文献里写的是1.27的比例因子适合于他的凝聚相，我也不太确定我可不可以用1.27，如果1.2是有普适性的话，我就用1.2.

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-11 04:58:03

Lir 发表于 2021-12-10 10:40
不好意思Sob老师，是我没有表述清楚，我用CM5电荷是来计算上面的那个有机分子的，这篇文献里写的是1.27的 ...

对于分子处在真空状态下，用CM5比用1.2*CM5大概率更好。1.2的目的是等效体现极性溶剂环境对溶质的极化作用，而真空里都没这种作用。即便分子被聚合物吸附后，聚合物对被吸附分子的极化作用也远低于水环境。
原理上，当前情况用Multiwfn算RESP电荷比CM5明显是更好选择，CM5对静电势的重现性远不如RESP。

Lir · 发表于 Post on 2021-12-14 21:34:43

您好Sob 老师，打扰了，我是发PVDF帖子的，感谢你之前帮我解决了疑惑，显示我的帖子回复不了，所以私信您，请教您一个问题，对于PVDF（聚偏氟乙烯）我做了改性，将上面的两个氢原子换成了一个羰基，本来PVDF 组成的氢，碳，氟，从文献里可以有电荷，用的是Byutner的计算的电荷，Q氢=0.1807，Q氟=-0.2266，Q碳-氢=-0.5202，Q碳-氟=0.6120。因为没有找到相关的用羰基替换氢原子的PVDF的电荷值，我用RESP拟合了改性的PVDF的电荷，每个原子电荷值都不相同，我能不能用未改性前PVDF电荷值，羰基中的氧原子的电荷值等于原来两个氢原子的电荷值之和。（没有文献支撑），谢谢老师帮我解答。

Decay · 发表于 Post on 2022-7-4 22:58:18

求个in文件万分感谢本人小白只想参考学习一下

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