求助，添加参数到opls力场文件中，是否等同应用opls力场

ydyd · 发表于 Post on 2022-7-6 19:46:10

求助：如果把无机物的原子、键、角、二面角等的参数，按照opls文件中的单位添加到ffbond.itp、ffnonbonded.itp等文件中，运行后是不是可以说明应用了opls力场。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-7-7 00:56:13

你参数是哪来的

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-7 03:51:19

那是ffbonded.itp

仅当你的参数出自OPLS-AA力场的原文才能这么说。如果是第三方文章里的参数，你顶多说当前用的力场是基于OPLS-AA的函数形式，这完全不等价于OPLS-AA力场本身。力场这个概念包含了力场的函数形式和具体参数。

ydyd · 发表于 Post on 2022-7-7 13:24:10

喵星大佬发表于 2022-7-7 00:56
你参数是哪来的

文献查出参数然后转换为opls同一单位。

ydyd · 发表于 Post on 2022-7-7 13:56:56

sobereva 发表于 2022-7-7 03:51
那是ffbonded.itp

仅当你的参数出自OPLS-AA力场的原文才能这么说。如果是第三方文章里的参数，你顶多说 ...

明白了，各个力场的计算方法不同，不只是参数，谢谢，sob老师。请问我想用TIP4P水分子混合三乙醇胺（小分子有机）、水泥（SiO4和钙无机盐），低温下获得六方形的冰结构，该用什么力场合适？IFF力场没有三乙醇胺的参数，gromacs自带力场没有无机盐的，UFF好像不太精确。该如何做呢？我用您的sobtop软件得到itp和top文件，然后改了里面的参数，得到的结构不是六边形冰晶结构。

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-8 05:30:02

ydyd 发表于 2022-7-7 13:56
明白了，各个力场的计算方法不同，不只是参数，谢谢，sob老师。请问我想用TIP4P水分子混合三乙醇胺（小分 ...

绝对不应该用TIP4P，OPC比这强得多
冰部分应当用专门适合冰的TIP4P-Ice
其它部分都用sobtop结合恰当的参数解决（三乙醇胺用GAFF。你的体系中的无机物质部分都是很常见的，适合的参数在文献里都能找到）

ydyd · 发表于 Post on 2022-7-8 09:08:47

sobereva 发表于 2022-7-8 05:30
绝对不应该用TIP4P，OPC比这强得多
冰部分应当用专门适合冰的TIP4P-Ice
其它部分都用sobtop结合恰当的 ...

谢谢，社长，我查下GAFF力场，模拟一下。

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