关于用gromacs做RDF的操作？

reddy · 发表于 Post on 2022-7-13 14:50:58

我想算一个液体体系，这个液体是由阴阳离子组成的，并且我只想算算纯的液体体系，不想向其中加入其他分子，那么在分析中我想计算阳离子在阴离子周围的RDF，我可不可以建立个索引文件，把阴离子和阳离子分别放在不同的组中，ref选阳离子，sel选阴离子，（这个是不是多原子体系与周围多原子体系的rdf？）这样做是否可以，还是gromacs只能做原子和原子之间的RDF？请各位大神指教。万分感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-14 06:56:23

可以算原子之间的，也可以算分子质心间的。按照你那样设，得到的是阴阳离子的原子对之间的平均rdf

reddy · 发表于 Post on 2022-7-14 08:32:50

sobereva 发表于 2022-7-14 06:56
可以算原子之间的，也可以算分子质心间的。按照你那样设，得到的是阴阳离子的原子对之间的平均rdf

好的谢谢社长

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