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[GROMACS] 借助WeMol网站进行GROMACS中蛋白与多肽分子动力学出现报错

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借助WeMol网站,进行GROMACS中蛋白与多肽分子动力学(需要评估二者对接结合稳定与否),出现如下报错,请问应该如何解决呢

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发表于 Post on 2024-7-27 18:07:59 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “GROMACS进行蛋白与多肽分子动力学” 改了,以后务必注意!下次将删帖+扣分处理。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-7-27 18:09:36 | 只看该作者 Only view this author
我从来不用WeMol,这也不是绝大多数GROMACS用户算这类问题会用的。
直接自己用pdb2gmx产生拓扑文件、写个恰当的mdp跑就完了,通常没必要用额外的工具,也免得遇到这种麻烦。
顺带一提,北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)对于蛋白质(包括单链和多链的)的模拟都有完整的讲解和很具体的例子。如果之前没相关知识的话,学一遍就全明白了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-27 19:16:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-27 18:09
我从来不用WeMol,这也不是绝大多数GROMACS用户算这类问题会用的。
直接自己用pdb2gmx产生拓扑文件、写个 ...

好的,谢谢sob老师

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